⌥ Olympusオープンソース Olympus は、ノイズを含む最適化と実験計画のベンチマークに用いる Python フレームワークです。混合パラメータ領域、実験ベンチマーク、解析的テスト関数、および共通のプランナーインターフェースを備えています。 オープンソースPython ラボ自動化 · プロセス最適化
⌥ BoFireオープンソース BoFire は、混合変数、制約、分子表現、反復的な候補選択に対応する、実験計画とベイズ最適化のための Python フレームワークです。 オープンソースPython ラボ自動化 · プロセス最適化
⌥ Summitオープンソース Summitは、化学反応の最適化に用いるPythonツールキットです。最適化戦略、シミュレーションによる反応ベンチマーク、実験条件を評価するための閉ループワークフローを組み合わせています。 オープンソースPython ラボ自動化 · プロセス最適化
⌥ BayBEオープンソース BayBE は、定義済みの探索空間、目的、測定結果に基づいてパラメーター設定を推奨する、ベイズ実験計画用の Python ツールボックスです。化学分野を考慮したワークフローや多目的ワークフローにも対応します。 オープンソースPython ラボ自動化 · プロセス最適化
⌥ DP-GENオープンソース DP-GENは、分子シミュレーション、第一原理計算、DeePMD-kitのワークフローを連携させ、原子間ポテンシャルモデルを生成するPythonコンカレントラーニングプラットフォームです。 オープンソースPython 計算化学 · 材料探索
⌥ QMLオープンソース QML は、Fortran による表現、カーネル、ソルバーモジュールを備えた、アーカイブ済みの量子機械学習向け Python ツールキットです。以降の開発は qmllib に移行しています。 オープンソースPython 分子特性予測 · 量子化学
⌥ DScribeオープンソース DScribeは、原子構造を機械学習、可視化、類似性解析に用いる数値記述子へ変換するPythonライブラリで、バッチ処理と原子位置に関する導関数にも対応します。 オープンソースPythonC++ 分子特性予測 · 材料探索
⌥ Matminerオープンソース matminer は材料科学のデータマイニング向け Python ライブラリです。コミュニティのデータセット、データ取得方法、特徴量化器をまとめ、研究ワークフローでの引用をサポートします。 オープンソースPython 材料探索
⌥ Pymatgenオープンソース Pymatgenは、構造およびファイル形式のサポートに、相図、電子構造解析、熱力学計算、データベース連携を組み合わせたPython材料解析ライブラリです。 オープンソースPython 材料探索
⌥ Chemistry Development Kitオープンソース Chemistry Development Kit (CDK) は、他のプログラム内で化学表現、ファイル変換、構造検索、フィンガープリント、QSAR記述子の計算、分子レンダリングに利用できる Java ライブラリです。 オープンソース ケモインフォマティクス
⌥ Open Babelオープンソース Open Babel は、形式変換、分子検索、2D または 3D 座標生成に利用できる、すぐに使えるプログラムと Python インターフェースを備えた化学データツールキットです。 オープンソースPythonC++ ケモインフォマティクス
⌥ Mordredオープンソース Mordredは、コマンドラインとRDKitベースのライブラリワークフローを備えたPython分子記述子計算ツールです。ケモインフォマティクス解析や下流のモデル評価に使用する記述子テーブルを生成します。 オープンソースPython 分子特性予測 · ケモインフォマティクス
⌥ SELFIESオープンソース SELFIES は、SMILES の変換、token エンコーディングの準備、設定可能な意味制約下での分子グラフ生成に使用できる、分子文字列表現形式および Python ライブラリです。 オープンソースPython 分子生成 · ケモインフォマティクス
⌥ Datamolオープンソース Datamol は RDKit を基盤とする Python 分子処理ライブラリで、構造変換、標準化、フィンガープリント、配座生成、可視化、ローカルまたはリモートのファイル I/O 用ツールを備えています。 オープンソースPython ケモインフォマティクス
⌥ Molfeatオープンソース Molfeat は、小分子の特徴量化のための Python ツールキットです。分子フィンガープリント、記述子、事前学習済み埋め込みに、並列変換、キャッシュ、拡張可能なプラグインを組み合わせています。 オープンソースPython 分子特性予測 · ケモインフォマティクス
⌥ DeepPurposeオープンソース DeepPurpose は、化合物およびタンパク質の予測モデルをトレーニングして適用するための PyTorch ベースのツールキットで、薬物-標的相互作用、分子特性、ドラッグリポジショニング、バーチャルスクリーニングのワークフローを備えています。 オープンソースPython 創薬
⌥ TorchDrugオープンソース TorchDrugは、SMILES入力、グラフ操作、物性予測の構成要素、および複数のCPU/GPUでの実行に対応する、PyTorchベースのグラフ・分子機械学習ツールキットです。 オープンソースPython 分子特性予測 · 創薬
⌥ PubChemPyオープンソース PubChemPy は PubChem PUG REST API の Python ラッパーで、化学物質の検索、化合物の特性取得、標準化、ファイル形式の変換、構造描画をサポートします。 オープンソースPython ケモインフォマティクス · 科学データ
⌥ DeepChemオープンソース DeepChem は、創薬、材料科学、量子化学、生物学における科学的ディープラーニング向けのオープンソース Python ツールチェーンです。バックエンドごとの依存関係と、段階的に学べるチュートリアルを備えています。 オープンソースPython 創薬
⌥ RDKitオープンソース RDKit は、2D および 3D 分子操作、記述子とフィンガープリントの生成、PostgreSQL cartridge を介した化学検索に対応するオープンソースのケモインフォマティクス・ツールキットです。 オープンソースPythonJavaScript ケモインフォマティクス