概要
STELLAは、科学的な問いを文献検索、データベース照会、計算解析につなげることを目的とした生物医学研究エージェントフレームワークです。固定されたツール群の限界に対処するため、拡張されていくテンプレートライブラリと拡張可能なツールプールを組み合わせた研究設計を採用しています。提供された資料では、論文の提案だけでなく、実行可能なリポジトリのコードとホスト型ブラウザーインターフェースが紹介されています。研究論文では基盤となる自己進化型アプローチを説明し、現行のREADMEでは追加のワークフローとケーススタディのスクリプトを記述しています。
ユーザーが科学的な目標を入力すると、マネージャーが目標を分解して関連するワークフローテンプレートを取得し、開発エージェントが解析と検索を実行し、批評エージェントが結果を検討して改善案を提示します。既存のツールで不十分な場合は、任意のツール作成エージェントが新しいツールを提供します。テンプレートは、成功した実行から再利用または作成される構造化されたワークフロー指示であり、独立して自律動作するエージェントではありません。資料に記載された出力には、根拠の要約と理由を伴う遺伝子候補のランキングや、スコアと裏付けとなる説明を伴う酵素変異体の提案があります。ケーススタディのスクリプトはCSVファイルとテキストファイルを保存します。
STELLAは研究ソフトウェアとして評価すべきであり、独立して検証済みの発見サービスとして扱うべきではありません。ローカル実行にはOpenRouter APIキーが必要で、検索および文献サービスは任意です。モデルは設定でき、補足的な生物医学リソースは別途配布されています。READMEでは、遺伝子ランキングの出力がモデルの確率性や文献インデックスの更新によって変化する可能性が明記されています。ケーススタディとベンチマーク資料は再現実験の出発点になりますが、報告されている発見や実験結果はあくまで情報源による主張です。リポジトリのコードライセンスは、ホスト型サービス、外部モデル、または別途ダウンロードするリソースの利用条件を定めるものではありません。
主な機能
- マネージャー、開発、批評の各エージェントが連携し、目標の分解、バイオインフォマティクスの実行、根拠の取得、結果の改善を行います。
- テンプレートシステムは構造化されたワークフローを取得して適用し、成功した実行から新しいテンプレートを作成します。
- 定義済みのツールではタスクを網羅できない場合、任意のツール作成エージェントがツールプールを拡張します。
- 資料に記載されたツールプールは、文献検索、データベース照会、バーチャルスクリーニングのワークフローに対応します。
- NK-cell/AMLのケーススタディでは、文献上の新規性、機序に関する根拠、NK細胞での発現、AMLの文脈を用いて遺伝子候補をランキングし、構造化された根拠フィールドを提示します。
- Strictosidine Synthaseのケーススタディでは、過去のHPLCスクリーニングのフィードバックを用いたESMによる再スコアリング、FoldXによる安定性フィルタリング、優先順位付き変異体提案を行います。
用途
- 評価案：NK-cell/AMLの候補ランキングワークフローを再現し、それぞれの理由が取得した文献で裏付けられているか確認します。
- 評価案：フィードバックに基づくStrictosidine Synthase変異体の優先順位付けを調べ、提案された候補と説明を、提供されたケーススタディの出力と比較します。
- 評価案：リポジトリのベンチマーク資料を使い、テンプレート検索を有効にした場合と無効にした場合の生物医学的質問応答ワークフローを比較します。
- 評価案：範囲を限定した文献またはバイオインフォマティクスのタスクにおいて、任意のツール作成機能が不足している機能を有用な形で補えるか調べます。
使い方
公式READMEと論文を読み、エージェントのアーキテクチャと、後からリポジトリに記載されたケーススタディの説明を区別します。範囲を限定した研究課題を選び、どのような根拠があれば出力を有用とみなせるかを定義します。
ホスト型インターフェースを使うか、リポジトリに記載された方法でソースコードをデプロイします。READMEにはDockerパッケージへのリンクもあります。同等の環境だと仮定せず、記載されたセットアップ方法に従ってください。
ローカルで使用する場合はREADMEの依存関係に関する説明に従い、OpenRouterキーを非公開で設定します。タスクに検索用の任意のキーや補足的な生物医学リソースが必要か判断してください。
モデルの設定を選択し、テンプレート検索または任意のツール作成機能を使うかどうかを決めます。文書に記載されたGradioインターフェースまたはプログラム用エントリーポイントから科学的な目標を入力します。
再現性評価を行う場合は、READMEにあるケーススタディまたはベンチマークへのリンクを利用します。保存された結果を調べ、根拠となる文献を確認し、実行結果を比較する前にモデル設定と検索タイミングを記録します。