概要
PubMed MCP (cyanheads) は @cyanheads/pubmed-mcp-server としてパッケージ化され、生物医学文献ワークフロー向けの MCP インターフェースを提供します。これはサードパーティによる実装であり、PubMed 自体ではありません。提供された資料からは、NCBI やその他の上流プロバイダーによる推奨は確認できません。MCP クライアントは、ローカルの stdio プロセス、セルフホストの Streamable HTTP サーバー、またはプロジェクトが文書化している公開エンドポイントを介して接続できます。このサーバーは文献ツール、データベース情報リソース、研究計画用プロンプトを提供するもので、自律的な研究者として動作するものではありません。
入力には PubMed クエリ式、構造化フィルター、日付範囲、論文識別子、部分的な書誌情報、MeSH 検索語が含まれます。出力には、有効なクエリの詳細を含む検索結果、論文メタデータと抄録、利用可能な全文、関連論文へのリンク、書式設定された参考文献が含まれます。Europe PMC 検索により、プレプリント、特許、Agricola の登録情報なども検索対象に加わります。全文取得では PMC、Europe PMC、さらに連絡先メールアドレスを設定した場合は Unpaywall を順に試します。応答には取得元が示され、コンテンツが利用できない場合や途中で切り詰められた場合も報告されます。
文書に記載されたワークフローは、文献の発見、レコードの確認、語彙の調整、参考文献のエクスポートを支援します。論文メタデータには関連する撤回・訂正通知が含まれることがあり、一括応答では個々の項目の失敗情報が保持されます。これらの機能は取得元の確認に役立ちますが、科学的妥当性や網羅的な文献カバレッジを保証するものではありません。識別子の変換は PMC に収載された論文に限られ、Unpaywall によるテキスト抽出は明示的にベストエフォートです。リポジトリのコードは Apache-2.0 の下で提供されていますが、このコードライセンスは論文の再利用権やホスト型サービスの利用条件を定めるものではありません。提供された抜粋には機能と設定方法が記載されていますが、取得精度の独立検証や科学的なテストは確認されていません。
主な機能
- PubMed をネイティブのクエリ構文、構造化フィルター、日付範囲で検索し、有効なクエリを報告します。追加のレコード種別は Europe PMC を別途検索します。
- PMID に基づいて論文のメタデータと抄録を取得します。MeSH 用語、任意の助成金情報、関連する撤回・訂正・コメント通知も含まれます。
- PMID、PMCID、DOI の入力から PMC、Europe PMC、設定済みの Unpaywall フォールバックを通じて利用可能な全文を取得し、取得元、失敗理由、切り詰め情報を示します。
- MeSH 見出しと詳細の検索、スペル修正の提案、部分的な引用情報の解決、PMC 収載論文の識別子変換を行います。
- 名称が明示されたフォールバックプロバイダーを使って類似論文、引用論文、参考文献を探し、APA、MLA、BibTeX、RIS、Vancouver 形式で引用をエクスポートします。
- `pubmed://database/info` を通じて PubMed データベースのライブメタデータを公開し、パラメーター化された4段階の `research_plan` プロンプトを提供します。
用途
- 評価案：薬物標的や疾患メカニズムについて MCP を活用した文献スコーピングのワークフローを構築し、PubMed の検索結果と Europe PMC のプレプリントを比較します。
- 評価案：研究ブリーフに採用する論文を選ぶ前に、抄録、MeSH 注釈、関連する訂正・撤回通知を確認します。
- 評価案：DOI、PMID、PMCID の書誌情報を照合し、選定した書誌を後続の文献管理に向けてエクスポートします。
- 評価案：エビデンス抽出のためにアクセス可能な全文を取得し、取得元、コンテンツの欠落、切り詰めに関する情報を保持します。
使い方
- プロジェクト READMEを読み、文書化された接続方法から選択します。選択肢は、公開 Streamable HTTP、ローカル stdio、セルフホスト HTTP です。これらはラッパーへのアクセス方法であり、PubMed サービスのインストール方法ではありません。
- ホスト型アクセスでは、MCP クライアントが文書化されたエンドポイントを使用するよう設定します。ローカルにデプロイする場合は、クライアントとの互換性を決めつけず、README に記載されたパッケージ、ランタイム、クライアント設定の手順に従ってください。
- README の設定セクションを確認します。必要に応じて NCBI の連絡先情報を設定してください。この全文取得層を評価する場合は
UNPAYWALL_EMAILを設定し、Europe PMC が有効になっているか確認します。 - 範囲を明確にした問いから始めます。
pubmed_lookup_meshで語彙を調整し、pubmed_search_articlesでレコードを取得します。有効なクエリと適用されたフィルターを確認してください。 - 選択した論文のメタデータと利用可能な全文を取得し、利用できない識別子、取得元の表示、関連通知、切り詰めの有無を確認します。レコードを確認してから引用をエクスポートしてください。評価手順として、一部のサンプルをソースレコードと照合し、コードライセンスと論文の再利用条件を別々に確認します。