概要
Benchling MCP (longevity-genie) は、一部のBenchling実験データワークフローにMCPインターフェースを提供します。Benchlingプラットフォーム自体とは別のサードパーティ製統合サーバーであり、提供された資料からは上流による推奨や承認は確認できません。その役割は、MCP対応AIクライアントがBenchling APIと直接やり取りするのではなく、構造化ツールを通じて既存の研究記録を要求できるようにすることです。
文書に記載された入力には、Benchling APIキーとドメインのほか、プロジェクトまたはフォルダーの識別子、配列タイプ、検索語、エンティティタイプのフィルター、結果数の上限などのツール引数が含まれます。出力として、ノートブック項目と実験記録、注釈付きDNA/RNA/タンパク質配列、プロジェクトメタデータ、該当するエンティティが説明されています。別のMCPリソースでは、API情報と利用ガイダンスが提供されます。記載されたツールは取得と検索を対象としており、抜粋には記録の作成・編集や実験機器の制御は記載されていません。
PythonパッケージはFastMCPを使用し、依存関係にBenchling SDKを含みます。ドキュメントではSTDIO、streamable HTTP、SSEでの動作が説明されていますが、READMEにあるデフォルトのトランスポート方式の説明とパッケージのエントリーポイントの対応関係は一致していません。そのため、クライアントを統合する前に、選択した起動経路を確認する必要があります。アクセスにはAPI利用権限を持つBenchlingアカウントが必要で、上流APIのレート制限も適用されます。READMEにはレート制限への対応、ログ記録、認証情報を要する統合テストが記載されていますが、これらの記述は特定のデプロイ環境でテストが完了したことを示すものではありません。
主な機能
- `benchling_get_entries(folder_id?, project_id?, limit?)` は、フォルダー、プロジェクト、結果数の任意の条件で絞り込みながら、実験ノートブックの項目を取得します。
- `benchling_get_sequences(sequence_type?, folder_id?, limit?)` はDNA、RNA、タンパク質の配列レコードを取得します。READMEでは、配列注釈へのアクセスも説明されています。
- `benchling_get_projects(limit?)` はプロジェクトとそのメタデータを取得します。
- `benchling_search(query, entity_types?, limit?)` は、検索語、任意のエンティティタイプ指定、結果数の上限を用いてBenchlingのエンティティを検索します。
- `resource://benchling_api-info` はMCPリソースを通じて、Benchling APIのドキュメントと利用ガイダンスを提供します。
- READMEでは、STDIO、streamable HTTP、SSEの各モードに加え、APIキー認証、レート制限への応答処理、ログ記録が説明されています。
用途
- 評価案：既知のプロジェクトまたはフォルダーから項目を取得し、研究上の議論に必要な実験記録をAIクライアントが見つけられるかを評価します。
- 評価案：選択したフォルダーからDNAまたはタンパク質の配列を取得し、返されたレコードを対応するBenchlingのレコードと比較します。
- 評価案：選択したエンティティタイプに対象を絞って研究用語を検索し、認可されたBenchlingワークスペース内で複数の記録を横断して情報を発見できるかを評価します。
- 評価案：プロジェクトのメタデータを取得して実験室の研究プロジェクトを閲覧します。ただし、書き込み機能や自動化機能があるとは想定しないでください。
使い方
- READMEを読み、項目、配列、プロジェクトの取得、または検索が意図したワークフローに合うかを確認します。サーバーを設定する前に、API利用権限を持つBenchlingアカウントを用意してください。
- Python 3.10以降を指定するパッケージ設定を確認します。記載のないインストール方法があると想定せず、READMEのuvベースのセットアップ手順に従ってください。
- 文書に従って、
BENCHLING_API_KEYとBENCHLING_DOMAINをローカルで設定します。認証情報を共有ドラフト、クライアント設定例、公開ログに含めないでください。 - トランスポートを選び、READMEのMCPクライアント設定を適用します。基本ランチャーの対応付けとREADMEにあるデフォルトモードの説明が異なるため、パッケージのエントリーポイントを確認してください。
- 既知のプロジェクトまたはフォルダーを使って範囲を限定した取得リクエストを評価し、その後、フィルター付き検索を試します。結果をBenchlingと照合し、エラーを確認してからアクセス範囲を広げてください。READMEには認証情報を必要とする統合テストが記載されていますが、利用環境でのテスト結果は示されていません。