概要
PDB 解析、設計対象の鎖、固定残基、配列制約のための補助スクリプトがあります。骨格生成器ではなく、構造を条件とする配列設計モデルです。
制約
適切な骨格を先に用意する必要があります。既定ブランチの最終コミットは古く、現在も活発に保守されているとは断定しません。設計結果の追加評価が必要です。
主な機能
- 骨格に基づく配列設計
- 鎖と残基の制約指定
用途
- 候補骨格に対する配列生成
- 固定残基を含む設計の検討
使い方
公式依存関係を準備し、例の PDB を解析します。protein_mpnn_run.py でモデル、鎖、制約を指定してください。