公式文書に基づくレビュー原稿です。本バッチでは実行しておらず、インストール、推論、最適化、実験結果は未検証です。
対象と入力
タンパク質・低分子複合体を調べる構造生物学研究者向けです。固定版 Boltz 2.2.1 と Boltz-2 を選び、Boltz-1 の一般的な親和性予測とはしません。YAML には version、配列エンティティ、一意な鎖 ID、任意の properties.affinity.binder を記述します。SMILES と CCD の併用はできません。親和性モジュールは低分子リガンド一つを対象とし、タンパク質・DNA・RNA の binder は対象外です。規定の数え方で128原子が上限で、56原子を大きく超えるリガンドは推奨されません。タンパク質間複合体は別の構造予測課題として扱えます。
出力と解釈
入力 YAML、MSA、重みのハッシュ、モデルと設定、全生出力を保存します。期待する成果物は予測 mmCIF、信頼度 JSON、要求時の親和性 JSON です。構造の信頼度、ipTM、pLDDT は実験親和性ではありません。affinity_pred_value はマイクロモル単位の IC50 の log10 予測で、affinity_probability_binary はモデルが推定した結合確率です。測定値、Kd、自由エネルギーとして読み替えません。プロトン化と立体化学を記録し、測定条件が科学的に一致する場合だけ比較します。
環境、アクセス、限界
ソースは Python >=3.10,<3.13、PyTorch >=2.2 を要求します。CUDA 拡張は機器に依存し、文書上は CPU でも推論できますが低速な場合があります。基準例は公式の公開入力と --use_msa_server を使用するため、配列は外部に送られます。機密配列は文書化された事前計算のローカル MSA とペアリング確認を使用してください。本レビューでは私有データを送信していません。コードと重みは上流が MIT と明示していますが、入力、MSA サービス、実験の条件は別です。時間見積もりに推論と重みの取得は含まず、臨床的結論や性能値は主張しません。