医薬・生物化学向けの追跡可能な文献検索を構築します。PubMed の記事記録を取得し、識別子と引用を保持して取得した根拠だけを要約します。
Claude Desktop、Node.js >=24、@cyanheads/pubmed-mcp-server 2.10.20 を使用します。ローカル MCP は外部文献データベースへ接続し、対話はクラウドで処理します。基本の PubMed 記録・要旨検索は NCBI API キー不要です。任意のキーで許容要求数が増え、全文サービスによっては連絡用メールが必要ですが、私有設定に保存します。
PubMed は主に生物医学研究を収録し、一般化学、特許、全出版社の包括的な索引ではありません。要旨は全文ではありません。検索結果、全文アクセス、訂正情報は変化するため、検索式、日付、識別子と実際に取得した根拠を保持します。購読制限は回避しません。
PubMed MCP (cyanheads)
文献取得ツール · 2.10.20
固定した公開 npm パッケージ。主に生物医学を対象。
上流のライセンスとクライアント・サービスの利用条件を確認してください。
リソースを見る| クライアント | OS | アーキテクチャ | バージョン要件 |
|---|---|---|---|
| Claude Desktop | macOS | 指定なし | 構成リソースの要件を参照 |
| Claude Desktop | Windows | 指定なし | 構成リソースの要件を参照 |
全プラットフォーム
npm を含む Node.js 24 以降と Claude Desktop を導入します。ローカル MCP が許可され、対象データベースへ HTTPS 接続できることを確認します。この Node 構成では Bun は不要です。
node --version
npm --version
Node は v24 以降、npm が利用できる。
全プラットフォーム
新しい書き込み可能な作業ディレクトリで実行します。.mcp-packages に導入し、検証用に lockfile を保持します。上流の npx とローカル dist/index.js は同じ公開パッケージを使用します。
npm install --prefix .mcp-packages @cyanheads/[email protected]
npm ls --prefix .mcp-packages --depth=0
指定した正確なパッケージ版が導入される。
macOS
Settings > Developer > Edit Config で mcpServers に追加します。node 実行ファイルも含め、すべてを実際の絶対パスに置き換え、既存項目を保持します。基本検索は API キー不要です。任意のキーやメールアドレスは私有設定に保存します。
{
"mcpServers": {
"pubmed-mcp-server": {
"command": "/ABSOLUTE/PATH/TO/node",
"args": [
"/ABSOLUTE/PATH/.mcp-packages/node_modules/@cyanheads/pubmed-mcp-server/dist/index.js"
],
"env": {
"MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio"
}
}
}
}有効な JSON が Node 24 以降で導入済みパッケージを stdio 起動する。
Windows
Settings > Developer > Edit Config で mcpServers に追加します。node 実行ファイルも含め、すべてを実際の絶対パスに置き換え、既存項目を保持します。基本検索は API キー不要です。任意のキーやメールアドレスは私有設定に保存します。
{
"mcpServers": {
"pubmed-mcp-server": {
"command": "C:\\ABSOLUTE\\PATH\\TO\\node.exe",
"args": [
"C:\\ABSOLUTE\\PATH\\.mcp-packages\\node_modules\\@cyanheads\\pubmed-mcp-server\\dist\\index.js"
],
"env": {
"MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio"
}
}
}
}有効な JSON が Node 24 以降で導入済みパッケージを stdio 起動する。
全プラットフォーム
Claude Desktop を完全に終了して再起動し、Developer 状態とコネクター一覧を調べます。必要なツール：pubmed_search_articles, pubmed_fetch_articles。
接続が成功し、指定したツールが利用できる。
全プラットフォーム
新規チャットで実行し、各引用を取得した記録と比較します。
pubmed_search_articles で ("machine learning"[Title/Abstract]) AND ("drug discovery"[Title/Abstract]) AND ("2020/01/01"[Date - Publication] : "2025/12/31"[Date - Publication]) を検索し、最大 5 件を取得してください。実際に得た PMID を pubmed_fetch_articles に渡し、題名、年、PMID、存在する DOI、出典リンク、要旨に基づく二文の要約を示してください。要旨と全文へのアクセスを区別し、要旨欠落と撤回・訂正通知を明示して記憶で補わず、実行された検索式と取得日を保持してください。最大五件の実在記録で、PMID は https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/<PMID>/ に対応。取得できた DOI だけを記載し、要約は要旨に一致して欠落と全文の状態を示す。固定件数や特定論文は保証せず、ゼロ件なら検索調整を記録し、引用を作らない。
全プラットフォーム
空の検索式を別途要求します。
pubmed_search_articles を空の query で呼び出し、検証エラーを示してください。引用を捏造しないでください。空の要求が明示的に拒否される。
同じ検索式を PubMed サイトで実行できます。一般化学で対象範囲外なら関連出版社の索引や Crossref を別途検索し、追加した出典を記録します。