ローカル PubChem MCP を介し Claude Desktop で化合物名を CID に解決し、出典を確認できる物性を取得します。
@cyanheads/pubchem-mcp-server 0.6.5 と Node.js >=24 を使用します。MCP はローカルで実行し、公開 PubChem PUG REST/PUG View を検索し、対話は Claude のクラウドで処理します。基本検索に PubChem API キーは不要です。化合物情報の取得であり、実験検証済みの物性予測ではありません。サーバー版と取得日を記録し、PubChem XLogP を RDKit Crippen logP と呼び替えないでください。
PubChem MCP (cyanheads)
PubChem PUG REST
| クライアント | OS | アーキテクチャ | バージョン要件 |
|---|---|---|---|
| Claude Desktop | macOS | 指定なし | 構成リソースの要件を参照 |
| Claude Desktop | Windows | 指定なし | 構成リソースの要件を参照 |
全プラットフォーム
npm を含む Node.js 24 以降と Claude Desktop を導入します。ローカル MCP が許可され、対象データベースへ HTTPS 接続できることを確認します。この Node 構成では Bun は不要です。
node --version
npm --version
Node は v24 以降、npm が利用できる。
全プラットフォーム
新しい書き込み可能な作業ディレクトリで実行します。.mcp-packages に導入し、検証用に lockfile を保持します。上流の npx とローカル dist/index.js は同じ公開パッケージを使用します。
npm install --prefix .mcp-packages @cyanheads/[email protected]
npm ls --prefix .mcp-packages --depth=0
指定した正確なパッケージ版が導入される。
macOS
Settings > Developer > Edit Config で mcpServers に追加します。node 実行ファイルも含め、すべてを実際の絶対パスに置き換え、既存項目を保持します。基本検索は API キー不要です。任意のキーやメールアドレスは私有設定に保存します。
{
"mcpServers": {
"pubchem-mcp-server": {
"command": "/ABSOLUTE/PATH/TO/node",
"args": [
"/ABSOLUTE/PATH/.mcp-packages/node_modules/@cyanheads/pubchem-mcp-server/dist/index.js"
],
"env": {
"MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio"
}
}
}
}有効な JSON が Node 24 以降で導入済みパッケージを stdio 起動する。
Windows
Settings > Developer > Edit Config で mcpServers に追加します。node 実行ファイルも含め、すべてを実際の絶対パスに置き換え、既存項目を保持します。基本検索は API キー不要です。任意のキーやメールアドレスは私有設定に保存します。
{
"mcpServers": {
"pubchem-mcp-server": {
"command": "C:\\ABSOLUTE\\PATH\\TO\\node.exe",
"args": [
"C:\\ABSOLUTE\\PATH\\.mcp-packages\\node_modules\\@cyanheads\\pubchem-mcp-server\\dist\\index.js"
],
"env": {
"MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio"
}
}
}
}有効な JSON が Node 24 以降で導入済みパッケージを stdio 起動する。
全プラットフォーム
Claude Desktop を完全に終了して再起動し、Developer 状態とコネクター一覧を調べます。必要なツール：pubchem_search_compounds, pubchem_get_compound_details。
接続が成功し、指定したツールが利用できる。
全プラットフォーム
新規チャットに入力し、二つの実際の呼び出しを確認。
pubchem_search_compounds で aspirin を名前検索し、得られた CID に pubchem_get_compound_details を呼び出してください。CID、分子式、分子質量、TPSA、取得できた XLogP、PubChem リンクと取得日を示し、CID 2244 に解決されるか確認してください。計算物性と実験根拠を区別し、欠落値を保持し、毒性や治療推奨を推測しないでください。期待する基準：アスピリン CID 2244、C9H8O4、約 180.16 g/mol。他の項目は実際の取得値と単位を示し、https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/2244 を添える。今回の実測結果ではない。
全プラットフォーム
意図的に存在しない名称で検索を繰り返す。
ChemAIAtlas-no-such-compound-20261007 を検索し、該当なしまたは実際の API エラーを報告してください。CID を作らないでください。識別子や物性が作り出されない。
同じ CID を PubChem サイトまたは PUG REST で直接取得できます。ローカル RDKit 計算は別の代替手段で、記述子の定義が異なります。