概要
PubChem PUG RESTは、HTTPリクエストを通じてPubChemの一部の情報にプログラムからアクセスできます。インストール可能なクライアントパッケージを必要とせず、スクリプト、Webアプリケーション、サードパーティ製ツールでの対象を絞った取得に利用できます。公式仕様では、入力、操作、出力の各要素で構成されるURLについて説明しています。この項目の対象はホスト型API自体であり、ラッパーやサードパーティ製MCPサーバーではありません。
化合物入力にはCID、名称、SMILES、InChI、InChIKey、分子式のほか、構造検索用の入力も含まれます。物質およびアッセイのデータ領域についても説明されています。利用可能な操作には、完全なレコード、同義語、識別子、化合物の物性、アッセイの概要の取得に加え、類似性検索と同一性検索があります。出力は操作によって異なり、JSON、XML、SDF、PNG、TXT、CSVなどを利用できます。これにより、すべてのリクエストを同じレコードのエクスポートとして扱うのではなく、特定の物性表や構造レコードを要求するワークフローを構成できます。
チュートリアルでは、PUG RESTは個別のリクエストを何百万回も実行する用途ではなく、対象を絞ったリクエスト向けとされています。クライアントは公表されているリクエスト制限を守り、動的なスロットリングを考慮し、回数を制限した再試行を行う必要があります。大量取得には適切な一括ダウンロードのワークフローが必要です。URL内の特殊文字はエンコードし、InChIとSDFの入力にはPOSTを使用します。プログラムによるアクセスの概要では、短時間の同期リクエストを行うこのサービスと、PUG Viewの完全なサマリーレポートおよびサードパーティの注釈とを区別しています。データを取得しても、生物活性が実験的に検証されたことにはならず、すべての注釈について再利用権が確立されるわけでもありません。提供された根拠からは、このサービスのコードリポジトリもコードライセンスも確認できません。
主な機能
- HTTPリクエストのパスでは、入力仕様、要求する操作、出力形式が分かれています。
- 化合物クエリではCID、名称、SMILES、InChI、InChIKey、分子式を入力として指定できます。物質およびアッセイのデータ領域も文書で説明されています。
- 取得操作は、完全なレコード、同義語、識別子、化合物の物性、アッセイの概要を対象とします。
- 構造に関する操作には、類似性検索と同一性検索があります。
- 操作に応じて、JSON、XML、SDF、PNG、TXT、CSVなどの形式で出力できます。InChIとSDFの入力にはPOSTを使用します。
- リクエスト制限と動的なスロットリングを伴う、対象を絞った同期アクセスが説明されています。レコード単位の無制限な一括取得を前提とするものではありません。
用途
- 推奨される用途：整理済み化合物リストに、文書で説明されている物性情報を追加し、各結果についてPubChem識別子と取得日を保持する。
- 推奨される用途：SDF構造レコードを取得して、後続の確認やケモインフォマティクス処理に利用する。適合性は別途評価する。
- 推奨される用途：同義語と識別子を取得し、化学名の照合ワークフローを支援する。曖昧な一致は採用前に評価する。
- 評価の指針：文書で説明されている類似性検索やアッセイ概要が、研究ワークフローの情報ニーズを満たすかを評価する。ただし、取得結果を実験的な検証として扱わない。
使い方
- PUG REST仕様を参照し、適切なデータ領域、入力識別子、操作、出力形式を選択します。利用できる場合は、安定したレコード識別子を優先してください。
- 構造レコードのリクエストを理解してから選択した化合物向けに調整できるよう、文書にあるアスピリンのSDF例を確認します。
- 物性を対象を絞って取得する場合は、MolecularFormulaとInChIKeyのJSON例を確認します。返されるフィールドが後続の要件を満たすことを確かめてください。
- 仕様に定められた入力ルールに従います。URL内の特殊文字はエンコードし、InChIまたはSDFの入力にはPOSTを使用します。HTTPステータスと返却データを確認し、元の識別子と取得日を記録してください。
- 公式チュートリアルに従って、レート制限と回数を制限した再試行を適用します。レコード単位のリクエストを無制限に並行実行せず、大量取得は別途計画してください。
- 対象を絞ったPUG RESTの取得とPUG Viewのレポートのどちらを選ぶか検討する際は、プログラムによるアクセスの概要を確認してください。データの解釈や注釈の再利用要件は、APIアクセスとは別に評価します。