タンパク質構造調査スタック

1. Node.js と Claude Desktop を準備

全プラットフォーム

node --version
npm --version

2. 固定 MCP パッケージを専用ディレクトリに導入

全プラットフォーム

npm install --prefix .mcp-packages @cyanheads/[email protected]
npm ls --prefix .mcp-packages --depth=0

3. 独立 Python 3.13 環境を準備

全プラットフォーム

4. macOS に RCSB MCP を導入

macOS

git clone https://github.com/cnyambura/rcsb-mcp.git
cd rcsb-mcp
git checkout df04c993c31f43d69d6273737bda2de39ace0850
python3.13 -m venv .venv
.venv/bin/python -m pip install -e .
.venv/bin/python -m pip freeze

5. Windows に RCSB MCP を導入

Windows

git clone https://github.com/cnyambura/rcsb-mcp.git
cd rcsb-mcp
git checkout df04c993c31f43d69d6273737bda2de39ace0850
py -3.13 -m venv .venv
.\.venv\Scripts\python.exe -m pip install -e .
.\.venv\Scripts\python.exe -m pip freeze

6. stdio 出力アダプターを保存

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"""Keep the upstream RCSB API's progress/error prints off MCP stdout.

Save beside server.py and rcsb_api.py in the pinned RCSB checkout.
Source: https://github.com/cnyambura/rcsb-mcp/blob/df04c993c31f43d69d6273737bda2de39ace0850/rcsb_api.py
Source-reviewed example; not executed.
"""
import functools
import sys

import rcsb_api
import server

# Only change print lookup in this module; preserve the process stdout stream.
rcsb_api.print = functools.partial(print, file=sys.stderr)

if __name__ == "__main__":
    server.mcp.run()

7. macOS で両サーバーを設定

macOS

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "/ABSOLUTE/PATH/TO/node",
      "args": [
        "/ABSOLUTE/PATH/.mcp-packages/node_modules/@cyanheads/uniprot-mcp-server/dist/index.js"
      ],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio"
      }
    },
    "rcsb-pdb": {
      "command": "/ABSOLUTE/PATH/rcsb-mcp/.venv/bin/python",
      "args": [
        "/ABSOLUTE/PATH/rcsb-mcp/recipe_rcsb_server.py"
      ]
    }
  }
}

8. Windows で両サーバーを設定

Windows

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "C:\\ABSOLUTE\\PATH\\TO\\node.exe",
      "args": [
        "C:\\ABSOLUTE\\PATH\\.mcp-packages\\node_modules\\@cyanheads\\uniprot-mcp-server\\dist\\index.js"
      ],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio"
      }
    },
    "rcsb-pdb": {
      "command": "C:\\ABSOLUTE\\PATH\\rcsb-mcp\\.venv\\Scripts\\python.exe",
      "args": [
        "C:\\ABSOLUTE\\PATH\\rcsb-mcp\\recipe_rcsb_server.py"
      ]
    }
  }
}

9. 両コネクターを確認

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10. 4HHB を確認して取得

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get_pdb_entry を pdb_id="4HHB"、get_polymer_entity を entity_id="1" と "2" で呼び出し、実験方法、分解能、ポリマー実体と鎖対応を示してください。得られた UniProt 相互参照を uniprot_get_entry で取得します。私が新しい絶対出力ディレクトリを指定した後に download_structure_file で 4HHB を cif 形式で保存し、実際のパス、出典、取得日を示してください。構造からリガンド親和性やドッキング性能を推測しないでください。