概要
RCSB MCP (cnyambura) は、RCSB Protein Data Bank API にアクセスするツールを MCP クライアントに接続します。その役割はデータ取得です。アシスタントはエントリのメタデータを要求し、ポリマーエンティティを調べ、構造ファイルをダウンロードし、カスタムエンドポイントクエリを送信できます。このリポジトリは RCSB サービスへのサードパーティ製インターフェースであり、データベースそのものではありません。提供された情報からは、上流組織による推奨は確認できません。
ドキュメントに記載された入力には、4文字の PDB 識別子、ポリマーエンティティ番号、API エンドポイントパス、および JSON 文字列で指定する任意のクエリパラメーターが含まれます。エントリ検索は、タイトル、実験方法、分解能、日付、著者、由来生物などのフィールドを含む JSON を返します。ポリマー検索は、分子名、配列、分子量、エンティティ種別、生物情報を返します。構造ファイルのダウンロードでは、圧縮形式を含む PDB、mmCIF、PDBML/XML に対応し、ステータスとローカルファイルパスを返します。
README には、単独で実行する方法と Claude Desktop の設定が記載されています。また、プロジェクトのメタデータには Python および MCP 関連の依存関係が宣言されています。カスタムクエリツールを使うと、ドキュメントに記載された assembly、非ポリマーエンティティ、UniProt クロスリファレンスの各エンドポイントにもアクセスできます。生物検索ツールの役割は限定的で、取得済みの該当構造一覧ではなく、説明とクエリ例を返します。提供された情報が示すのはデータ取得機能であり、構造予測、ドッキング、科学的検証ではありません。そのため、研究ワークフローにサーバーを組み込む前に、取得精度、出力の実用性、クライアントとの統合を評価することを推奨します。
主な機能
- `get_pdb_entry` は、実験方法、分解能、日付、著者、由来生物などを含むエントリ単位の JSON を取得します。
- `get_polymer_entity` はタンパク質、DNA、RNA のエンティティ詳細を取得します。エンティティ識別子は省略可能で、省略時の既定値は "1" です。
- `download_structure_file` は PDB、mmCIF、PDBML/XML ファイルとその圧縮形式に対応し、出力ディレクトリとファイル名を任意に指定できます。
- `query_rcsb_api` はエンドポイントパスと任意の JSON 文字列パラメーターを受け取り、API 応答を JSON として返します。
- `search_pdb_by_organism` は生物検索の説明とクエリ例を提示しますが、ドキュメントに記載された検索を実行するものではありません。
- README には、サーバーの単独実行と Claude Desktop への統合方法が記載されています。
用途
- 評価案：選択した PDB エントリのメタデータを取得し、構造生物学の文献調査やデータセット整理のワークフローに役立てる。
- 評価案：下流解析に使う構造を選ぶ前に、ポリマー配列とエンティティの説明を確認する。
- 評価案：必要な形式で構造をダウンロードし、別の可視化ソフトウェアやモデリングソフトウェアで使う前に、返されたファイルパスを確認する。
- 評価案：assembly またはリガンド関連のエンドポイントをクエリし、構造に基づく研究の背景情報を集める。
使い方
- リポジトリの READMEを読み、利用できるツールを確認して、メタデータ取得、ファイルのダウンロード、カスタムクエリのどれがワークフローに適しているか判断します。
- pyproject.toml に記載された Python の要件と依存関係を確認します。README に記載された依存関係のインストール方法に従ってください。提供された抜粋からは、各プラットフォームでの動作確認状況はわかりません。
- 単独実行、または README に記載された Claude Desktop との統合を選びます。デスクトップ統合を使う場合は、例にあるローカルリポジトリのパスを自分の環境のパスに置き換え、説明に従ってクライアントを再起動します。
- 選択した PDB 識別子で、エントリ検索とポリマーエンティティ検索を試します。下流で利用する前に、README に記載されたフィールドと照らして返された JSON を確認します。
- 形式と保存先を明示して構造ファイルのダウンロードを試し、返されたステータスとファイルパスを確認します。カスタムエンドポイントについては、リンク先の RCSB Data API と web-services overview を参照してください。生物検索の出力は検索結果ではなく、利用の手引きとして扱ってください。