独立 AiZynthFinder 環境を導入し、公開ポリシー・テンプレート・在庫ファイルで制限を明示した逆合成探索を実行します。
AiZynthFinder 4.4.1 を専用 Python 3.11 環境で使用します。Python 要件は >=3.10,<3.13 で、RDKit の範囲は他のレシピと異なるため仮想環境を混ぜません。参照手順はローカル ONNX ポリシーと公開在庫スナップショットを使用し、ホスト型推論は使いません。モデル・テンプレート・在庫取得に接続と十分な容量が必要です。データのライセンスとファイル digest を記録します。
特定のポリシー、在庫、探索予算でモデルに基づく経路を提案します。solved は末端が設定在庫条件を満たす意味で、実験実証や現在の購入可能性ではありません。経路ゼロも正当な観測結果で、生成化学で補いません。時間制限は起動・取得の全時間を含まず、結果は版や探索状態で変わり得ます。
AiZynthFinder
ローカル逆合成探索エンジン · ==4.4.1
専用 Python 3.11 環境。公開モデル・テンプレート・在庫は追加取得が必要。
上流のライセンスとクライアント・サービスの利用条件を確認してください。
リソースを見る| クライアント | OS | アーキテクチャ | バージョン要件 |
|---|---|---|---|
| Python | macOS | 指定なし | >= 3.10 <= 3.12 |
| Python | Windows | 指定なし | >= 3.10 <= 3.12 |
| Python | Linux | 指定なし | >= 3.10 <= 3.12 |
全プラットフォーム
独立 Python 3.11、モデル・在庫の書き込み容量を用意し、取得前に上流公開データ出典を確認します。新しいデータディレクトリを使用。
環境が Python >=3.10,<3.13 に適合。
macOS
新しい作業ディレクトリで実行します。macOS/Linux 用です。Windows では別の手順を使用します。
python3.11 -m venv .venv
.venv/bin/python -m pip install aizynthfinder==4.4.1
.venv/bin/python -m pip freeze
導入が完了し、解決された版を記録する。
Linux
新しい作業ディレクトリで実行します。macOS/Linux 用です。Windows では別の手順を使用します。
python3.11 -m venv .venv
.venv/bin/python -m pip install aizynthfinder==4.4.1
.venv/bin/python -m pip freeze
導入が完了し、解決された版を記録する。
Windows
PowerShell で仮想環境のインタープリターを直接使用します。
py -3.11 -m venv .venv
.\.venv\Scripts\python.exe -m pip install aizynthfinder==4.4.1
.\.venv\Scripts\python.exe -m pip freeze
導入が完了し、解決された版を記録する。
macOS
新規 public-data を使います。上流ツールはモデル・テンプレート・在庫と config.yml を保存するため、既存データ先を指定しません。
mkdir public-data
.venv/bin/download_public_data public-data
参照ファイルと config.yml が存在し、サイズと digest を記録。
Linux
新規ディレクトリで同じ取得ツールを使用。
mkdir public-data
.venv/bin/download_public_data public-data
参照データが存在。
Windows
新しい作業先で PowerShell を使用。
mkdir public-data
.\.venv\Scripts\download_public_data.exe public-data
参照データが存在。
全プラットフォーム
config_local.yml として保存し、取得済みファイルの実パスに置き換えて元の config.yml を保持します。Windows は C:/work/public-data/... のような引用付きスラッシュパスを使用できます。uspto は取得済みモデルとテンプレートに対応させます。
search:
max_transforms: 4
iteration_limit: 50
time_limit: 30
exclude_target_from_stock: true
expansion:
uspto:
- /ABSOLUTE/PATH/public-data/uspto_model.onnx
- /ABSOLUTE/PATH/public-data/uspto_templates.csv.gz
filter:
uspto: /ABSOLUTE/PATH/public-data/uspto_filter_model.onnx
stock:
zinc: /ABSOLUTE/PATH/public-data/zinc_stock.hdf5
全参照ファイルが存在し探索制限が明示。
全プラットフォーム
Windows は ..venv\Scripts\aizynthcli.exe を使用し、新しい出力先と CLI ログを保持します。
.venv/bin/aizynthcli --config config_local.yml --smiles "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O" --policy uspto --stocks zinc --output aspirin-routes.jsonCLI が設定ポリシーと在庫を読み込み実ファイルを出力。実出力から対象、探索統計、number_of_routes、is_solved を記録。特定経路は要求せず、solved を実験可能性と同一視しない。
全プラットフォーム
人による確認項目として使うか実出力を任意アシスタントへ渡します。クラウド送信はローカル限定の条件を変えます。
提供したアスピリンの AiZynthFinder 出力を確認し、実際の経路数、solved、ポリシー、在庫、探索予算を示してください。モデル提案と実験根拠を区別し、ゼロ経路なら代替経路を作らず明示してください。確認が実際の保存出力と限界に一致。
同じモデルと在庫を上流 notebook/UI で確認できます。文献に基づく人の経路検討は別の作業で、モデル出力を自動検証しません。