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逆合成入门组合

安装独立 AiZynthFinder 环境,下载公开策略、模板与库存文件,执行有明确限制和来源记录的逆合成搜索。

难度: 中等 费用: 免费 隐私: 本地 ~60 分钟
开始安装

你将能够

  • 准备有来源记录的策略、模板与库存数据。
  • 执行受限搜索并检查路线统计。

你将构建什么

范围

AiZynthFinder 4.4.1 使用独立 Python 3.11 环境,上游 Python 范围为 >=3.10,<3.13,依赖的 RDKit 范围与其他方案不同,不合并虚拟环境。参考流程采用本地 ONNX 策略与公开库存快照,不调用托管推理端点。模型、模板、库存下载需要网络及较多磁盘空间,核对数据许可并保存文件摘要。

结果含义

搜索仅在指定策略、库存和预算下提出模型路线。solved 表示末端符合配置库存规则,不代表实验成功,也不保证原料当前可购买。零路线是合法观察结果,不使用生成化学路线补齐。搜索时限不包含所有启动或下载开销,数值结果可能随版本及搜索状态变化。

本地逆合成搜索引擎

AiZynthFinder

组合组件

AiZynthFinder

本地逆合成搜索引擎 · ==4.4.1

独立 Python 3.11 环境,公开模型、模板及库存为另外必需下载的数据。

费用与许可请核对上游及客户端、服务账号条款。

查看资源

兼容环境

客户端操作系统架构版本要求
Python macOS不限>= 3.10 <= 3.12
Python Windows不限>= 3.10 <= 3.12
Python Linux不限>= 3.10 <= 3.12

安装与测试

1. 准备 Python、磁盘空间与模型许可

全部平台

使用独立 Python 3.11,准备模型与库存文件的可写空间,下载前检查上游公开数据引用,使用新数据目录。

官方来源

预期结果

环境符合 Python >=3.10,<3.13。

2. 安装独立 Python 依赖

macOS

在新的工作目录执行。此命令适用于 macOS/Linux,Windows 使用单独步骤。

python3.11 -m venv .venv
.venv/bin/python -m pip install aizynthfinder==4.4.1
.venv/bin/python -m pip freeze
官方来源

预期结果

依赖安装完成,记录实际解析版本。

3. 安装独立 Python 依赖

Linux

在新的工作目录执行。此命令适用于 macOS/Linux,Windows 使用单独步骤。

python3.11 -m venv .venv
.venv/bin/python -m pip install aizynthfinder==4.4.1
.venv/bin/python -m pip freeze
官方来源

预期结果

依赖安装完成,记录实际解析版本。

4. 在 Windows 安装 Python 依赖

Windows

使用 PowerShell,直接调用虚拟环境解释器。

py -3.11 -m venv .venv
.\.venv\Scripts\python.exe -m pip install aizynthfinder==4.4.1
.\.venv\Scripts\python.exe -m pip freeze
官方来源

预期结果

依赖安装完成,记录实际解析版本。

5. 在 macOS/Linux 下载公开数据

macOS

使用新的 public-data 目录。上游下载器会写入模型、模板、库存与 config.yml,不要指向已有数据。

mkdir public-data
.venv/bin/download_public_data public-data
官方来源

预期结果

所有引用文件与生成的 config.yml 存在,记录大小和文件摘要。

6. 在 Linux 下载公开数据

Linux

在新目录中使用同一下载器。

mkdir public-data
.venv/bin/download_public_data public-data
官方来源

预期结果

引用数据文件存在。

7. 在 Windows 下载公开数据

Windows

在新的工作目录中通过 PowerShell 执行。

mkdir public-data
.\.venv\Scripts\download_public_data.exe public-data
官方来源

预期结果

引用数据文件存在。

8. 保存受限搜索配置

全部平台

保存为 config_local.yml,将路径替换为实际下载文件,保留原生成的 config.yml。Windows 可使用带引号的正斜杠路径,如 C:/work/public-data/...。uspto 策略必须对应已下载的模型与模板。

search:
  max_transforms: 4
  iteration_limit: 50
  time_limit: 30
  exclude_target_from_stock: true
expansion:
  uspto:
    - /ABSOLUTE/PATH/public-data/uspto_model.onnx
    - /ABSOLUTE/PATH/public-data/uspto_templates.csv.gz
filter:
  uspto: /ABSOLUTE/PATH/public-data/uspto_filter_model.onnx
stock:
  zinc: /ABSOLUTE/PATH/public-data/zinc_stock.hdf5
官方来源

预期结果

全部配置文件实际存在,搜索限制明确。

9. 运行阿司匹林搜索

全部平台

Windows 使用 ..venv\Scripts\aizynthcli.exe。选择新的输出路径,保留 CLI 日志供审核。

.venv/bin/aizynthcli --config config_local.yml --smiles "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O" --policy uspto --stocks zinc --output aspirin-routes.json
官方来源

预期结果

CLI 成功载入策略与库存并写入实际输出文件;从真实结果记录目标、搜索统计、number_of_routes 和 is_solved。不要求特定路线,不将 solved 等同于实验可行。

10. 核对真实路线依据

全部平台

作为人工核对清单,或向可选助手提供实际输出;上传云端会改变仅本地的隐私前提。

检查提供的 AiZynthFinder 阿司匹林输出,报告实际路线数、solved 状态、策略、库存及搜索预算。区分模型提议与实验依据;没有路线时如实说明,不生成替代路线。
官方来源

预期结果

核对结果与真实输出及其局限一致。

故障排除

  • Python 被拒绝:使用 3.10—3.12,本方案选择 3.11。
  • 依赖冲突:建立新环境,不升级其他 RDKit 方案环境。
  • 下载不完整:逐个检查引用文件,用新目录重试;只有 config.yml 不够。
  • 模型与模板不匹配:使用同一下载器数据集中的配对文件。
  • 库存缺失:检查 HDF5 绝对路径及配置键。
  • 零路线:记录结果、策略、库存与预算,检查假设而不编造合成路线。
  • 架构无 ONNX 运行时:核对官方平台支持,保持未验证。
仍无法运行

替代方案

可使用上游 notebook/UI 检查同样的模型和库存。人工依据文献审查路线属于另一个流程,不能自动证明模型输出有效。