概要
Pymatgen Skill (K-Dense) は、Scientific Agent Skills コレクションに含まれる個別のリソースです。pymatgen を扱うための手順、参考資料、任意の Python ヘルパーを提供しますが、上流ライブラリそのものでも、単独で実行するエージェントでもありません。前提条件、パーサーの警告、成果物の来歴を保ちながら、材料分析ワークフローを案内する役割を担います。
入力には、組成式文字列、分子構造または周期構造、構造ファイル、ローカルの計算エネルギーエントリ、範囲を明示した Materials Project クエリ条件が含まれます。文書に記載された出力には、検証レポート、対称性感度レポート、変換済み構造、ローカル相図解析、クエリ計画、成果物マニフェストがあります。後続の分析に進む前に、単位、座標規約、占有率、酸化状態の扱いを定めるようワークフローで求められます。変換に先立って表現上の情報損失を計画し、新しい出力パスを使用したうえで、往復変換後に科学的に重要な性質を確認します。
ローカル分析と外部データ取得は分離されています。付属の Materials Project ヘルパーは、既定でネットワークに接続せずにクエリを計画します。実行には、明示的な承認、範囲を限定したフィルターとフィールド、認証が必要です。Materials Project は上流のデータサービスであり、mp-api はそのクライアント依存関係です。いずれもこの Skill が提供するサービスではありません。相図は、エネルギーの互換性と指定された競合相に依存します。計算上の凸包への所属だけでは、実験的な安定性は示されません。
ソースによると、ローカル CLI テストスイートと合成例は実行されていますが、認証が必要なデータ取得と、ファイルに依存する VASP/Q-Chem の例は説明用であり、実行されていません。この Skill はこれらの電子構造計算パッケージを実行せず、それらのライセンスも提供しません。構造検証には、非常に短い格子ベクトルをまたぐ接触を完全には確認できないなど、文書に記載された限界があります。実際の研究データで評価する場合は、これらの制約を考慮してください。
主な機能
- 組成および構造の検証ヘルパーは、パーサーの警告、単位、座標モード、周期性、占有率、不規則性、酸化状態、サイト間の最小距離を報告します。
- 対称性感度ヘルパーは、明示的に指定した距離および角度の許容範囲グリッドにわたり、空間群の割り当てを評価します。
- 個別の変換計画・実行ヘルパーは、表現上の情報損失を特定し、変換後の構造を新しいパスに書き込みます。
- オフライン相図ヘルパーは、全エネルギーと来歴を含む厳密な JSON エントリを受け付け、ローカルな凸包解析と任意のプロットをサポートします。
- Materials Project クエリヘルパーは既定で dry-run 計画を行い、明示的な承認のもと、選択したフィールドによる範囲限定の概要取得と、新規ファイルへの出力をサポートします。
- 成果物マニフェストヘルパーは、チェックサム、ソフトウェアのバージョン、ソース、ワークフローの来歴を記録します。
用途
- 評価案：解析前にパーサーの修正、部分占有率、構造上の警告を調べ、材料スクリーニングのワークフローにおける CIF 取り込みを評価する。
- 評価案：単一の割り当てだけに依存せず、報告された空間群が対称性許容値に敏感かどうかをテストする。
- 評価案：対応する表現間で構造を変換しながら、格子、元素種の順序、サイト特性、その他失われる可能性のある情報を確認する。
- 評価案：互換性のある計算エネルギーエントリからローカル相図を作成する、または来歴を保持した範囲限定の Materials Project データ取得を計画する。
使い方
- 指定された Skillを読み、コレクションリポジトリでヘルパーを確認します。自律型アプリケーションではなく、ワークフローの指針として扱ってください。
- Skill に記載された依存関係の設定に従い、隔離された Python 環境を準備します。依存関係ロックと環境の詳細を保持してください。計画ヘルパーには科学計算用パッケージは不要ですが、ローカル分析には必要です。
- 小規模な評価用入力を選びます。分子構造か周期構造か、単位、座標モードを記録したうえで、文書に記載されたバリデーターを使い、先に進む前にすべての警告を確認します。
- 関連するローカルワークフローを選択します。対称性許容値を順に調べる、変換を計画してから新しい成果物を書き込む、または来歴情報付きのエネルギーエントリを相図に渡す方法があります。API の仕様についてはpymatgen ドキュメントを参照してください。
- 外部データを扱う場合は、まず dry-run 計画を確認し、明示的なネットワーク利用の承認を得てください。Materials Project API ガイドに従い、認証情報を保存済みの成果物に含めないようにします。
- 分析出力と成果物マニフェストを保存します。研究で結果を利用する前に、表現形式の変更、除外されたエントリ、科学的前提を確認してください。