概要
ReacNetGenerator Skillは、computational-chemistry-agent-skillsコレクションに含まれる指示リソースで、analysis/reacnetgenerator/SKILL.mdに配置されています。ReacNetGeneratorと、別個のラッパーであるreacnet-md-toolsを使った反応分子動力学の後処理をアシスタントに案内します。このSkillは基盤となる解析パッケージでも、単独で動作するエージェントでもありません。入力チェック、ツール選択、実行方法の選択、出力確認を整理する役割を担います。
文書に記載された入力には、LAMMPSのbondおよびdump軌跡、XYZ、extended XYZファイルが含まれます。ワークフローでは軌跡のパスと原子名を指定します。LAMMPS dataファイルから原子名を推定することもできます。また、scaled座標とCartesian座標のdump、およびreacnet-md-toolsによる直交セルと三斜セルの座標変換も扱います。周期性の判断は利用可能なセル情報に依存します。原子タイプの対応が曖昧な場合は、推測で割り当てず、確認を求めます。
通常のLAMMPS dump解析には、Skillはrng-pipelineを推奨します。より低レベルのオプションが必要な場合はネイティブのreacnetgenerator CLI、既存の.reactionabcdまたは.speciesファイルを調べる場合はrng-query、ローカルのブラウザーインターフェースを特に利用したい場合はrng-webappを案内します。想定される生成物は、ログ、HTML/SVG/JSONレポート、種および反応のファイルです。ラッパーのワークフローではsummary.mdも生成され、出力はout/<input_basename>/以下に整理されます。
このSkillではuvとpython3が前提条件として示されており、依存関係がキャッシュされていない場合、パッケージ解決にインターネット接続が必要になる可能性があると記載されています。HMMに関する案内では、手早い初回処理と、HMMを明示的に要求した解析を区別しています。これらは文書に記載されたワークフロー上の推奨事項であり、科学的検証が行われたことや、特定の軌跡で結果がテストされたことを示すものではありません。
主な機能
- ReacNetGeneratorを使い、bond、dump、xyz、extxyz形式の反応分子動力学軌跡を解析する方法を案内します。
- 通常の実行、低レベルCLIの要求、既存出力の照会、ブラウザーによる確認を、それぞれ異なるツールに振り分けます。
- 直方晶系および三斜晶系のセルを含む、reacnet-md-toolsを介したLAMMPS座標変換について説明します。
- LAMMPS dataファイルからの原子名の推定に対応し、対応関係が曖昧な場合は確認を求めます。
- 周期境界、セル情報の欠落、任意のHMM処理に関する判断基準を示します。
- run.log、レポートファイル、種・反応の生成物、ラッパーが生成する要約を含む、予測しやすい出力構成を定めています。
用途
- 評価案：代表的なLAMMPS反応分子動力学dumpを処理し、座標処理と原子名の推定がシミュレーションのファイル形式に適合するかを確認します。
- 軌跡を再解析せずに、文書に記載された照会ワークフローで既存の.reactionabcdおよび.species出力を確認します。
- XYZまたはextxyzの解析を計画する際は、適切な実行方法を選択する前にセル情報と周期性を確認します。
- 評価案：手早い初回解析と、HMMを明示的に要求した実行を比較し、どちらの処理も科学的に十分だと決めつけず、生成物を確認します。
使い方
- 指定されたSkillを読み、コレクション内での役割を把握するとともに、その指示と外部解析ツールを区別します。
- 前提条件として記載されているuvとpython3を確認します。パッケージがキャッシュされていない場合は、パッケージ解決にインターネット接続が必要になる可能性を考慮してください。記載された呼び出しパターンについては、元の説明を参照してください。
- 軌跡のパスと入力形式を確認します。原子名または適切なLAMMPS dataファイルを用意し、解析前に曖昧なタイプ対応を解決してください。
- セルと周期性に関するSkillのルールに従います。有効なLAMMPS BOX BOUNDSからセル情報を取得できます。セル情報のないXYZファイルでは、周期性を判断する必要があります。目的の解析におけるHMM処理の有無を明示します。
- 通常のdump処理にはrng-pipeline、低レベルのオプションが必要な場合はネイティブのreacnetgenerator、既存出力の照会にはrng-queryを選択します。フラグを推測で追加せず、Skillがリンクする参考資料を利用してください。
- 文書に記載された出力先で、ログ、レポート、種・反応ファイルを確認します。初期評価では、反応ネットワークを下流の研究に用いる前に、入力の解釈と出力の完全性を確認してください。