概览
ReacNetGenerator Skill 是 computational-chemistry-agent-skills 集合中的一项指令资源，位于 analysis/reacnetgenerator/SKILL.md。它指导助手使用 ReacNetGenerator 和独立的 reacnet-md-tools 封装工具进行反应分子动力学后处理。该 Skill 不是底层分析软件包，也不是可独立运行的智能体；它的作用是组织输入检查、工具选择、执行选项和输出检查。
文档说明的输入包括 LAMMPS bond 和 dump 轨迹、XYZ 及 extended XYZ 文件。工作流程要求提供轨迹路径和原子名称，也可以从 LAMMPS data 文件推断原子名称。内容还涉及 scaled 与 Cartesian dump 坐标，以及通过 reacnet-md-tools 转换正交和三斜晶胞坐标。周期性设置取决于可用的晶胞信息；原子类型映射不明确时，应先请求澄清，而不是猜测对应关系。
对于常规 LAMMPS dump 分析，Skill 推荐使用 rng-pipeline。若需要较低层级的选项，它会引导用户使用原生 reacnetgenerator CLI；查询已有的 .reactionabcd 或 .species 文件时使用 rng-query；特别需要本地浏览器界面时使用 rng-webapp。预期产物包括日志、HTML/SVG/JSON 报告、物种和反应文件；封装工作流程还会生成 summary.md，并将输出整理到 out/<input_basename>/ 下。
该 Skill 声明需要 uv 和 python3，并指出除非依赖已缓存，否则解析软件包时可能需要互联网连接。其 HMM 指引区分快速初步处理与明确要求启用 HMM 的分析。这些是文档所述的工作流程建议，并不能证明已进行科学验证，也不代表针对特定轨迹测试过结果。
主要功能
- 指导使用 ReacNetGenerator 分析 bond、dump、xyz 和 extxyz 格式的反应分子动力学轨迹。
- 将常规运行、低层级 CLI 请求、已有输出查询和基于浏览器的检查分别引导至不同工具。
- 说明如何通过 reacnet-md-tools 转换 LAMMPS 坐标，包括正交和三斜晶胞。
- 支持从 LAMMPS data 文件推断原子名称；映射不明确时要求先澄清。
- 提供有关周期性边界、缺少晶胞信息以及可选 HMM 处理的决策规则。
- 规定可预测的输出组织方式，包括 run.log、报告文件、物种/反应产物以及由封装流程生成的摘要。
使用场景
- 建议的评估方式：处理一个有代表性的 LAMMPS 反应分子动力学 dump，以评估坐标处理和原子名称推断是否适合模拟文件的格式约定。
- 通过文档所述的查询工作流程检查已有的 .reactionabcd 和 .species 输出，无需重新分析轨迹。
- 规划 XYZ 或 extxyz 分析时，先确认晶胞信息和周期性设置，再选择合适的执行路径。
- 建议的评估方式：比较快速初步分析与明确要求启用 HMM 的运行，并检查生成的产物；不要预先假定任一处理方式在科学上都足够适用。
使用方式
- 阅读指定的 Skill，了解它在集合中的作用，并区分其中的指令与外部分析工具。
- 检查其声明的 uv 和 python3 前提条件。若软件包尚未缓存，请考虑软件包解析可能依赖互联网；有关提供的调用模式，请参阅源说明。
- 确定轨迹路径和输入格式。提供原子名称或合适的 LAMMPS data 文件，并在分析前解决不明确的类型映射。
- 遵循 Skill 关于晶胞和周期性的规则。有效的 LAMMPS BOX BOUNDS 可提供晶胞信息；没有此类信息的 XYZ 文件需要先确定周期性设置。针对预期分析，明确指定是否采用 HMM 处理。
- 常规 dump 处理选择 rng-pipeline；需要低层级选项时选择原生 reacnetgenerator；查询已有输出时选择 rng-query。使用 Skill 链接的参考资料，不要臆造标志参数。
- 检查文档所述输出位置中的日志、报告和物种/反应文件。进行初步评估时，先检查输入解读和输出完整性，再将反应网络用于下游研究。