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Pymatgenは、構造およびファイル形式のサポートに、相図、電子構造解析、熱力学計算、データベース連携を組み合わせたPython材料解析ライブラリです。

材料探索

Chemistry Development Kit (CDK) は、他のプログラム内で化学表現、ファイル変換、構造検索、フィンガープリント、QSAR記述子の計算、分子レンダリングに利用できる Java ライブラリです。

ケモインフォマティクス

Open Babel は、形式変換、分子検索、2D または 3D 座標生成に利用できる、すぐに使えるプログラムと Python インターフェースを備えた化学データツールキットです。

ケモインフォマティクス

Mordredは、コマンドラインとRDKitベースのライブラリワークフローを備えたPython分子記述子計算ツールです。ケモインフォマティクス解析や下流のモデル評価に使用する記述子テーブルを生成します。

分子特性予測 · ケモインフォマティクス

SELFIES は、SMILES の変換、token エンコーディングの準備、設定可能な意味制約下での分子グラフ生成に使用できる、分子文字列表現形式および Python ライブラリです。

分子生成 · ケモインフォマティクス

Datamol は RDKit を基盤とする Python 分子処理ライブラリで、構造変換、標準化、フィンガープリント、配座生成、可視化、ローカルまたはリモートのファイル I/O 用ツールを備えています。

ケモインフォマティクス

Molfeat は、小分子の特徴量化のための Python ツールキットです。分子フィンガープリント、記述子、事前学習済み埋め込みに、並列変換、キャッシュ、拡張可能なプラグインを組み合わせています。

分子特性予測 · ケモインフォマティクス

DeepPurpose は、化合物およびタンパク質の予測モデルをトレーニングして適用するための PyTorch ベースのツールキットで、薬物-標的相互作用、分子特性、ドラッグリポジショニング、バーチャルスクリーニングのワークフローを備えています。

創薬

TorchDrugは、SMILES入力、グラフ操作、物性予測の構成要素、および複数のCPU/GPUでの実行に対応する、PyTorchベースのグラフ・分子機械学習ツールキットです。

分子特性予測 · 創薬

PubChemPy は PubChem PUG REST API の Python ラッパーで、化学物質の検索、化合物の特性取得、標準化、ファイル形式の変換、構造描画をサポートします。

ケモインフォマティクス · 科学データ

QCArchiveは、データベースを基盤とするサーバー、Pythonクライアント、および同一リポジトリで保守される計算ワーカーを通じて、量子化学計算の実行、保存、共有を支援します。

量子化学 · 科学データ

ChEMBL データとケモインフォマティクスサービスのクエリに使用する、ChEMBL グループが保守する公式 Python クライアント。QuerySet 形式のフィルター、遅延取得、ローカルでの結果キャッシュを備えています。

創薬 · 科学データ

Materials Project API は mp-api として公開されている Python クライアントプロジェクトです。公式のデータアクセス文書と任意の MCP サーバーのエントリーポイントが、パッケージ設定で宣言されています。

材料探索 · 科学データ

PubChem MCP (PhelanShao) は、AI クライアントが名前または CID で PubChem の化合物特性や構造を取得できる Python MCP サーバーです。JSON、CSV、XYZ 形式での出力に加え、構造ファイルのダウンロードにも対応します。

ケモインフォマティクス · 科学データ

ChEMBL MCP (cyanheads) は、MCP クライアントを ChEMBL の化合物、標的、生物活性、医薬品の記録に接続し、構造検索と、オプションで DuckDB を用いた大規模な活性データセットの分析を提供します。

創薬 · 科学データ

PubChem MCP (cyanheads) は MCP クライアントを PubChem の化合物およびバイオアッセイデータに接続し、識別子や構造による検索、物性の取得、安全性記録、相互参照、3D配座に対応します。

ケモインフォマティクス · 科学データ

Scientific Agent Skills は、ケモインフォマティクス、分光学、材料分析などを含む、科学ソフトウェアパッケージ、データベース、研究ワークフローを扱う AI エージェント向けの手順ガイダンスを提供します。

ケモインフォマティクス · 科学データ

Coscientist は、大規模言語モデルを用いた化学研究向けに、簡単な実装と関連する研究データを提供し、合成計画、ライブラリー選択、複数回の実行、最適化を扱います。

文献・研究 · ラボ自動化

PaperQAは科学文献を対象としたエージェント型の検索拡張質問応答を提供し、ローカル検索、順位付けされたエビデンスの要約、本文中の引用を含む回答を組み合わせます。

文献・研究

ChemCrow は、Langchain を用いて構築された Python 化学エージェントパッケージで、言語モデルの推論を RDKit、paper-qa、化学データベース、反応計画ツールに接続します。

ケモインフォマティクス · 文献・研究