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fairchem で事前学習済み UMA モデルと ASE 計算器を用い、表面緩和、エネルギー予測、分子動力学を行う触媒指向の原子論的モデリングワークフロー。

材料探索

SPICE は、機械学習ポテンシャルの学習に利用できる量子力学的エネルギー、力、その他の分子特性を提供します。特に、医薬品様分子とタンパク質の相互作用に重点を置いています。

量子化学 · 科学データ

ANI-1 は、計算された非平衡分子配座を提供し、有機分子の座標とエネルギーを含む HDF5 ファイルにアクセスするための Python リーダーを備えています。

量子化学

GEOM は、450,000 を超える分子について、エネルギーと統計重みの注釈付き分子配座を 3,700 万件提供します。データ形式には MessagePack と RDKit オブジェクトがあり、読み込みおよび解析のチュートリアルも用意されています。

分子生成 · 計算化学

Matbench Discovery は、結晶安定性および原子シミュレーションのタスクにおける機械学習モデルをベンチマークし、インタラクティブなリーダーボードで精度、頑健性、計算コストを比較します。

材料探索

Matbench は、物性予測手法のベンチマークに使用できる、厳選された材料科学の機械学習タスクを 13 件提供し、ベンチマークデータ、リーダーボード、pip でインストール可能なパッケージを備えています。

材料探索

Open Reaction Database は、Protobuf レコードを含む Parquet ファイル形式の構造化反応データセットを提供します。また、ミラーからのダウンロードと、ストリーミングアクセスやテキストまたは JSON への変換に対応する ord_schema ワークフローを利用できます。

反応予測 · 科学データ

Therapeutics Data Commons は、治療分野の機械学習データセット、Python ローダー、データ分割、評価指標、ベンチマークを提供し、予測や分子生成の研究を支援します。

分子特性予測 · 創薬

MOSESは、ZINC由来の分子データセット、生成ベースライン、評価指標を組み合わせ、生成分子の妥当性、多様性、新規性をベンチマーク評価します。

分子生成

GuacaMolは、分布学習と目標指向型評価、および標準化されたChEMBL由来データセットを備えた、de novo分子設計用のPythonベンチマークパッケージです。

分子生成

REINVENTは、生成モデル、強化学習、転移学習を用いて、小分子の生成と最適化を構成可能なPython分子設計ツールキットです。

分子生成 · 創薬

RetroXpert は、まず生成物の結合切断を予測し、次に OpenNMT ベースのモデルを使ってシンソンから反応物を生成する、2 段階の逆合成研究用実装です。

逆合成

LocalRetro は、局所反応テンプレートを用いた逆合成予測の研究実装で、テンプレート抽出、モデル学習、テスト、予測反応物のデコードを行うワークフローを提供します。

逆合成

RxnMapperは、教師なしALBERTモデルの注意機構を用いて、有効な反応SMILESに原子マッピングを割り当て、Pythonインターフェースを通じてマッピング済み反応と信頼度スコアを返します。

ケモインフォマティクス · 反応予測

DECIMERはEfficientNet-V2とtransformerを用いて化学構造画像から予測SMILESを生成し、Pythonによる予測インターフェースを提供します。また、手描き構造向けのモデルも別途紹介されています。

化学構造認識

MolScribe は、分子図を化学構造に変換する画像からグラフへのモデルです。SMILES と molfile を出力し、原子、結合、信頼度に関する情報も任意で出力できます。

化学構造認識

TANKBindは、タンパク質–リガンド結合構造と親和性を予測する研究モデルです。リポジトリには、予測、データセット準備、セルフドッキング評価、バーチャルスクリーニング用のノートブックが含まれています。

創薬

EquiBind は、タンパク質–リガンド構造から受容体の結合位置とリガンドのポーズを直接予測する SE(3) 等変モデルであり、推論および学習のワークフローを備えています。

創薬

DiffDockは拡散ベースのモデルを用いてタンパク質–低分子の結合ポーズを予測します。単一複合体およびバッチ推論、配列ベースのタンパク質入力、ポーズの信頼度スコアに対応しています。

創薬

3D分子を生成するE(3)等変拡散モデルの公式研究コード。QM9およびGEOM-Drugsの学習ワークフロー、サンプル分析、物性条件付き生成を含みます。

分子生成