发现资源

Pymatgen 是一个 Python 材料分析库，将结构和文件格式支持与相图、电子结构分析、热力学计算和数据库集成相结合。

材料发现

Chemistry Development Kit (CDK) 是一个 Java 库，可在其他程序中用于化学表示、文件转换、结构搜索、指纹生成、QSAR 描述符计算和分子渲染。

化学信息学

Open Babel 是一套化学数据工具包，提供开箱即用的程序和 Python 接口，可用于格式转换、分子搜索以及生成二维或三维坐标。

化学信息学

Mordred 是一款 Python 分子描述符计算器，支持命令行和基于 RDKit 的库工作流，可生成用于化学信息学分析和下游模型评估的描述符表。

分子性质预测 · 化学信息学

SELFIES 是一种分子字符串表示形式和 Python 库，可用于转换 SMILES、准备 token 编码，并在可配置的语义约束下生成分子图。

分子生成 · 化学信息学

Datamol 是一个基于 RDKit 构建的 Python 分子处理库，提供结构转换、标准化、指纹、构象生成、可视化以及本地或远程文件 I/O 工具。

化学信息学

Molfeat 是一款用于小分子特征化的 Python 工具包，将分子指纹、描述符和预训练嵌入与并行转换、缓存及可扩展插件相结合。

分子性质预测 · 化学信息学

DeepPurpose 是一个基于 PyTorch 的工具包，用于训练和应用化合物与蛋白质预测模型，提供药物-靶点相互作用、分子性质、药物重定位和虚拟筛选工作流。

药物发现

TorchDrug 是一个基于 PyTorch 的图与分子机器学习工具包，支持 SMILES 输入、图操作、性质预测构建模块以及多 CPU/GPU 执行。

分子性质预测 · 药物发现

PubChemPy 是 PubChem PUG REST API 的 Python 封装，支持化学物质搜索、化合物属性检索、标准化、文件格式转换和结构绘制。

化学信息学 · 科学数据

QCArchive 通过由数据库支持的服务器、Python 客户端以及在同一代码仓库中维护的计算工作器，支持运行、存储和共享量子化学计算。

量子化学 · 科学数据

由 ChEMBL 团队维护的官方 Python 客户端，用于查询 ChEMBL 数据和化学信息学服务，提供 QuerySet 风格的筛选器、惰性检索和本地结果缓存。

药物发现 · 科学数据

Materials Project API 是以 mp-api 发布的 Python 客户端项目，其官方数据访问文档和可选 MCP 服务器入口点均在其软件包配置中声明。

材料发现 · 科学数据

PubChem MCP (PhelanShao) 是一个 Python MCP 服务器，可让 AI 客户端按名称或 CID 检索 PubChem 化合物属性和结构，并提供 JSON、CSV、XYZ 输出以及可下载的结构文件。

化学信息学 · 科学数据

ChEMBL MCP (cyanheads) 将 MCP 客户端连接到 ChEMBL 化合物、靶点、生物活性和药物记录，并支持结构搜索以及可选的 DuckDB 大型活性数据集分析。

药物发现 · 科学数据

PubChem MCP (cyanheads) 将 MCP 客户端连接到 PubChem 化合物和生物测定数据，支持标识符和结构搜索、性质检索、安全记录、交叉引用及 3D 构象。

化学信息学 · 科学数据

Scientific Agent Skills 为 AI 智能体提供程序性指导，帮助其使用科学软件包、数据库和研究工作流，涵盖化学信息学、光谱学和材料分析等领域。

化学信息学 · 科学数据

Coscientist 提供了一个简单实现及配套研究数据，面向大语言模型化学研究，涵盖合成规划、文库筛选、多次运行和优化。

文献与研究 · 实验室自动化

PaperQA 可对科学文献进行智能体式检索增强问答，结合本地搜索、排序后的证据摘要，以及带文内引文的回答。

文献与研究

ChemCrow 是一个基于 Python、使用 Langchain 构建的化学智能体软件包，可将语言模型推理与 RDKit、paper-qa、化学数据库和反应规划工具连接起来。

化学信息学 · 文献与研究