概要
rdkit-agent Skill は、scottmreed/rdkit-agent リポジトリの skills/rdkit-agent/SKILL.md にある Markdown 形式の指示リソースです。別個の rdkit-agent CLI の使い方をアシスタントに示します。ソースによると、この CLI は RDKit WASM を基盤としています。この Skill 自体は化学エンジンでも、自律的に動作するエージェントでもありません。検証、変換、分子解析のためのツール利用規約を定める役割を持ちます。
中核となるワークフローでは、化学表記を後続の処理に渡す前に確認します。入力には SMILES、SMIRKS、変換要求、分子コレクションが含まれ、プログラム間の受け渡しには JSON ペイロードが推奨されています。指示では、overall_pass の確認、corrected_values または fix_suggestions の参照、返却フィールドや検索結果の制限について説明しています。基盤となる CLI の出力には、構造化された検証結果、分子記述子、検索・類似性の結果、変換後の表記、分子図が含まれます。また、端末外での CLI による JSON の自動出力や、検証エラー、使用方法のエラー、RDKit エラーを区別する終了コードについても説明しています。
コマンドリファレンスでは、フィンガープリント、骨格、官能基、フィルタリング、分子編集、反応の適用などの操作を扱います。別のセクションでは CLI の MCP サーバーモードと Node.js API を説明していますが、これらは基盤パッケージのインターフェースであり、Skill が実行する独立した機能ではありません。文書に記載された制約として、標準 WASM ビルドでは立体異性体の列挙が利用できず、機能非対応を示す構造化エラーが返されます。指示では、不正な表記や言語モデルによるフォーマット上のノイズにも注意を促しています。例はワークフローの指針であり、化学的結果が独立に検証されたことや、互換性が確認されたことを示すものではありません。
主な機能
- SMILES と SMIRKS の検証を優先する手順を示し、後続処理の前に `overall_pass`、`corrected_values`、`fix_suggestions` を確認するよう案内します。
- JSON ペイロード、端末以外の環境での自動 JSON 出力、明示的な出力形式、機械可読な終了コードについて説明します。
- 表記変換、記述子、官能基、フィンガープリント、類似性、部分構造検索、骨格、分子フィルタリングを網羅するコマンドリファレンスを提供します。
- 記述子フィールドの選択、類似性結果の件数、部分構造マッチの上限によって出力サイズを調整できます。
- SMILES の代わりに名称や分子式を使う誤り、フォーマット上のノイズ、不完全な構造表記など、化学文字列でよくある間違いを、自動修復オプションとともに例示します。
- 基盤となる CLI の MCP および Node.js インターフェースについて説明し、立体異性体の列挙に関する WASM の制約も明示します。
用途
- 評価案：この Skill を使って、生成された SMILES の検証と修正候補の確認をアシスタントに促し、無効な文字列を後続の解析に渡さないようにします。
- 評価案：選択した記述子を取得し、フィルターを適用して、件数を制限した類似性または部分構造の結果を返す、構造化された分子トリアージのワークフローを構築します。
- 評価案：化学アシスタントの CLI 経由と MCP 経由のやり取りを比較し、エラー処理や未対応機能の動作を確認します。
使い方
- 指定された Skill ファイルを読み、そこにある指示と別個の rdkit-agent パッケージを区別します。ホストアシスタントが説明されているツールアクセスのワークフローに対応していることを確認してください。
- CLI が見つからない場合は、ファイルに記載された利用可否の確認と、ワークスペース内へのインストール手順に従ってください。サンドボックスやネットワークに関する前提は、アクセスが保証されていると見なさず、使用環境で確認する条件として扱ってください。
- 小さく、既知の化学文字列の例から始めます。検証優先のセクションに従い、追加操作を依頼する前に
overall_passと修正に関する案内を確認してください。 - 文書に記載された解析または変換操作を選びます。JSON 入力の案内に従い、必要に応じて記述子フィールドや結果件数を絞り込みます。構造化された出力と終了ステータスの両方を確認してください。
- 立体化学、MCP 統合、Node.js API を評価する前に、WASM の制約とインターフェースの各セクションを参照してください。観察した動作はソースの主張と分けて記録してください。この Skill 自体は科学的な正確性を証明するものではありません。