概览
rdkit-agent Skill 是一份 Markdown 指令资源，位于 scottmreed/rdkit-agent 仓库的 skills/rdkit-agent/SKILL.md。它指导助手使用独立的 rdkit-agent CLI；来源称该 CLI 由 RDKit WASM 驱动。Skill 本身不是化学引擎，也不是可独立运行的智能体；它的作用是为验证、转换和分子分析建立工具使用规范。
其核心工作流是在将化学记法交给后续操作之前先进行检查。输入包括 SMILES、SMIRKS、转换请求和分子集合，并建议使用 JSON 载荷进行程序化交换。指令描述了检查 overall_pass、查看 corrected_values 或 fix_suggestions，以及限制返回字段或搜索结果的方法。底层 CLI 的输出包括结构化验证结果、分子描述符、搜索与相似性结果、转换后的记法和分子图示。文档还说明了 CLI 在终端之外自动输出 JSON，以及用于区分验证错误、用法错误和 RDKit 错误的退出代码。
命令参考涵盖指纹、骨架、官能团、筛选、分子编辑、反应应用等操作。其他章节介绍 CLI 的 MCP 服务器模式和 Node.js API；这些是底层软件包的接口，并非由 Skill 执行的独立能力。文档明确指出一项限制：标准 WASM 构建不支持立体异构体枚举，并会返回结构化的不支持功能错误。指令还重点提示了记法格式错误和语言模型产生的格式伪影。文档示例提供的是工作流指导，并不能证明化学结果已得到独立验证，也不能证明兼容性。
主要功能
- 提供以验证为先的 SMILES 和 SMIRKS 使用指引，包括在后续使用前检查 `overall_pass`、`corrected_values` 和 `fix_suggestions`。
- 说明 JSON 载荷、非终端环境下的自动 JSON 输出、显式输出格式，以及机器可读的退出代码。
- 提供涵盖记法转换、描述符、官能团、指纹、相似性、子结构搜索、骨架和分子筛选的命令参考。
- 通过选择描述符字段、相似性结果数量和子结构匹配上限来控制输出规模。
- 举例说明常见化学字符串错误，包括用名称或分子式代替 SMILES、格式伪影和不完整的结构记法，并介绍自动修复选项。
- 介绍底层 CLI 的 MCP 和 Node.js 接口，同时明确说明 WASM 不支持立体异构体枚举。
使用场景
- 建议的评估方式：使用该 Skill 指导助手验证生成的 SMILES、检查建议的修正，并避免将无效字符串传入后续分析。
- 建议的评估方式：构建结构化的分子初筛工作流，查询选定的描述符、应用筛选条件，并返回数量受限的相似性或子结构结果。
- 建议的评估方式：比较化学助手通过 CLI 和 MCP 进行交互的路径，同时检查错误处理和不支持功能时的行为。
使用方式
- 阅读指定的 Skill 文件，并区分其中的指令与独立的 rdkit-agent 软件包。确认宿主助手支持所述的工具访问工作流。
- 如果 CLI 不存在，请按照文件中的可用性检查和工作区本地安装指引操作。将其中的沙箱和网络假设视为需要在你的环境中核实的条件，而非保证可用的访问能力。
- 从一个小型、已知的化学字符串示例开始。遵循验证优先章节，在请求进一步操作前检查
overall_pass和任何修正建议。 - 选择文档中介绍的分析或转换操作。按照 JSON 输入指引操作，并在适当时限制描述符字段或结果数量；同时检查结构化输出和退出状态。
- 在评估立体化学、MCP 集成或 Node.js API 前，查阅WASM 限制和接口章节。将观察到的行为与来源中的说法分别记录；Skill 本身不能证明科学准确性。