跳转到正文

PyTorch Geometric

PyTorch Geometric(PyG)是通用图神经网络库;官方 QM9 示例提供了分子性质学习的明确化学应用路径。

条目更新 ·

概览

库提供图数据处理和消息传递组件,面向多种图任务。此条目定位为分子图研究的开发基础库,不将其描述为化学专用预训练模型。

限制

需要自行选择模型、数据和训练设置;可选加速组件需匹配 PyTorch 与硬件环境。

主要功能

  • 图数据与消息传递组件
  • 官方 QM9 分子学习示例

使用场景

  • 开发分子图预测模型
  • 复现 QM9 图学习流程

使用方式

按官方指南安装 PyG,阅读官方 QM9 示例,再准备数据、模型和训练设置。记录依赖版本和评估拆分。

相关资源

ChemBERTa

模型

ChemBERTa 提供用于化学 SMILES 的类 BERT 模型,包括采用 RoBERTa 掩码语言建模的检查点,以及用于预训练、微调和分子性质预测研究的笔记本。

开源Python

分子性质预测

ChemML

开源工具

ChemML 是一套用于化学与材料数据分析、挖掘和建模的 Python 工具,采用模块化设计,并有关于图神经网络、AutoML 和可解释性的工作记录。

开源Python

分子性质预测 · 材料发现

Chemprop

模型

Chemprop 是一个基于 PyTorch 的工具包,用于训练和评估进行分子性质预测的消息传递神经网络,并提供命令行工作流、Python 模块和针对特定任务的笔记本。

开源Python

分子性质预测

DeepMol

开源工具

DeepMol 是一个用于分子机器学习的 Python 工具包,可将化合物标准化和特征化与模型训练、评估、解释及可复用工作流连接起来。

开源Python

分子性质预测

DGL-LifeSci

开源工具

DGL-LifeSci 是基于 DGL 和 PyTorch 的化学与生物图神经网络工具包,提供分子建模组件与示例。

开源Python

分子性质预测

DimeNet

模型

DimeNet 提供 DimeNet 和 DimeNet++ 的参考实现,用于分子图上的方向性消息传递,并包含训练笔记本、测试集预测工作流和预训练模型。

Python

分子性质预测 · 量子化学

兼容客户端

用于以下实用方案

相关指南

模型

QM9 分子性质预测:如何正确评估

明确 QM9 目标和单位,区分分子图与几何输入,防止评估泄漏,并保留原始数据与处理过程的来源记录。