概览
库提供图数据处理和消息传递组件,面向多种图任务。此条目定位为分子图研究的开发基础库,不将其描述为化学专用预训练模型。
限制
需要自行选择模型、数据和训练设置;可选加速组件需匹配 PyTorch 与硬件环境。
主要功能
- 图数据与消息传递组件
- 官方 QM9 分子学习示例
使用场景
- 开发分子图预测模型
- 复现 QM9 图学习流程
使用方式
按官方指南安装 PyG,阅读官方 QM9 示例,再准备数据、模型和训练设置。记录依赖版本和评估拆分。
PyTorch Geometric(PyG)是通用图神经网络库;官方 QM9 示例提供了分子性质学习的明确化学应用路径。
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库提供图数据处理和消息传递组件,面向多种图任务。此条目定位为分子图研究的开发基础库,不将其描述为化学专用预训练模型。
限制
需要自行选择模型、数据和训练设置;可选加速组件需匹配 PyTorch 与硬件环境。
按官方指南安装 PyG,阅读官方 QM9 示例,再准备数据、模型和训练设置。记录依赖版本和评估拆分。
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分子性质预测
ChemML 是一套用于化学与材料数据分析、挖掘和建模的 Python 工具,采用模块化设计,并有关于图神经网络、AutoML 和可解释性的工作记录。
分子性质预测 · 材料发现
Chemprop 是一个基于 PyTorch 的工具包,用于训练和评估进行分子性质预测的消息传递神经网络,并提供命令行工作流、Python 模块和针对特定任务的笔记本。
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DeepMol 是一个用于分子机器学习的 Python 工具包,可将化合物标准化和特征化与模型训练、评估、解释及可复用工作流连接起来。
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DGL-LifeSci 是基于 DGL 和 PyTorch 的化学与生物图神经网络工具包,提供分子建模组件与示例。
分子性质预测
DimeNet 提供 DimeNet 和 DimeNet++ 的参考实现,用于分子图上的方向性消息传递,并包含训练笔记本、测试集预测工作流和预训练模型。
分子性质预测 · 量子化学
准备 QM9 分子图,用仅基于训练集的标准化训练小规模 CPU GCN 基线,并以 Debye 报告验证集选模后的测试 MAE。
PyTorch Geometric
预测性质
Python
查看安装指南 →明确 QM9 目标和单位,区分分子图与几何输入,防止评估泄漏,并保留原始数据与处理过程的来源记录。
区分图学习基础设施、等变运算库及面向化学的 DGL 工具包,并从表示、评估和版本边界出发选择。