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为 Cursor 添加化学 AI 能力

为 Cursor 项目接入固定版本且限定工具的 RDKit MCP，使用可复现 SMILES 提示词核对分子分析调用与结果。

难度: 中等费用: 免费与付费混合隐私: 云端 ~30 分钟

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公开链接：https://chemaiatlas.com/zh/recipes/chemistry-ai-for-cursor/

你将能够

向 Cursor 开放限定的 RDKit 描述符工具。
在 Agent 对话中核对真实分子工具调用。

你将构建什么

范围

使用 Cursor、Python 3.11 与 TandemAI RDKit MCP 0.2.3，固定提交 3a7000ae62e94e095ecd804a403fca12982570cb，依赖 RDKit 2025.3.1。服务器默认 SSE，明确选择 stdio，五工具允许列表限定描述符范围。添加 MCP 不代表生成代码已经验证，也不授予模型无限制 shell 权限。

环境与隐私

此流程用于本地桌面工作区，远程工作区需另行核对路径与运行环境。RDKit 本地计算，模型处理方式取决于 Cursor 账号和模型配置，参考流程不承诺离线。Cursor 与模型费用独立于开源服务器，项目 MCP 配置不存放私有凭据。

Cursor 化学 MCP 接入

RDKit MCP Server (TandemAI)

化学信息学计算引擎

RDKit

组合组件

RDKit MCP Server (TandemAI)

Cursor 化学 MCP 接入 · 0.2.3; 3a7000ae62e94e095ecd804a403fca12982570cb

显式 stdio 与五工具允许列表。

费用与许可请核对上游及客户端、服务账号条款。

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RDKit

化学信息学计算引擎 · ==2025.3.1

由固定版本服务器自动安装。

费用与许可请核对上游及客户端、服务账号条款。

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兼容环境

客户端	操作系统	架构	版本要求
Cursor	macOS	不限	见组件版本要求
Cursor	Windows	不限	见组件版本要求
Cursor	Linux	不限	见组件版本要求
Python	macOS	不限	>= 3.10
Python	Windows	不限	>= 3.10
Python	Linux	不限	>= 3.10

安装与测试

1. 准备 Cursor、Git 与 Python

全部平台

安装 Cursor、Git 与 Python 3.11，确认工作区策略允许 MCP。在本地工作区的新目录安装固定 RDKit 服务器，选择 Cursor 模型并记录客户端版本与模型标识。

官方来源

预期结果

所选工作区中的 Cursor 允许本地 MCP。

2. 在 macOS 安装固定版本服务器

macOS

在终端运行。保留源码目录及其虚拟环境；安装方式沿用上游 pip install .，通过独立解释器隔离依赖。记录命令显示的组件版本。

git clone https://github.com/tandemai-inc/rdkit-mcp-server.git
cd rdkit-mcp-server
git checkout 3a7000ae62e94e095ecd804a403fca12982570cb
python3.11 -m venv .venv
.venv/bin/python -m pip install .
.venv/bin/python -m pip show rdkit rdkit-mcp-server mcp

官方来源

预期结果

安装完成，RDKit 显示 2025.3.1，服务器包显示 0.2.3。

3. 在 Windows 安装固定版本服务器

Windows

在 PowerShell 运行。直接调用虚拟环境 Python，无需激活 PowerShell 脚本。如果没有 py 启动器，将 py -3.11 替换为 Python 3.11 的绝对路径。

git clone https://github.com/tandemai-inc/rdkit-mcp-server.git
cd rdkit-mcp-server
git checkout 3a7000ae62e94e095ecd804a403fca12982570cb
py -3.11 -m venv .venv
.\.venv\Scripts\python.exe -m pip install .
.\.venv\Scripts\python.exe -m pip show rdkit rdkit-mcp-server mcp

官方来源

预期结果

安装完成，RDKit 显示 2025.3.1，服务器包显示 0.2.3。

4. 在 Linux 安装固定服务器

Linux

Linux 使用同样的独立 Python 3.11 源码安装命令。

git clone https://github.com/tandemai-inc/rdkit-mcp-server.git
cd rdkit-mcp-server
git checkout 3a7000ae62e94e095ecd804a403fca12982570cb
python3.11 -m venv .venv
.venv/bin/python -m pip install .
.venv/bin/python -m pip show rdkit rdkit-mcp-server mcp

官方来源

预期结果

安装完成，RDKit 显示 2025.3.1，服务器包显示 0.2.3。

5. 限定开放的 RDKit 工具

全部平台

将 YAML 保存为仓库目录下的 recipe-settings.yaml。不要直接照搬上游示例：示例中包含重叠的允许和阻止规则。这里的名称已与源码工具包装函数核对；允许列表也能减少向客户端暴露的工具数量。

ALLOW_LIST:
  - MolWt
  - ExactMolWt
  - CalcMolFormula
  - CalcTPSA
  - CalcCrippenDescriptors
BLOCK_LIST: []

官方来源

预期结果

YAML 包含所列五个允许工具，阻止列表为空。

6. 配置 macOS 项目 MCP

macOS

在本地项目创建或编辑 .cursor/mcp.json，将 rdkit 合并到已有 mcpServers，替换解释器、run_server.py 与 recipe-settings.yaml 的真实绝对路径。该文件仅用于本工作区，也可选择全局 ~/.cursor/mcp.json。此 RDKit 服务器不需要 API Key。

{
  "mcpServers": {
    "rdkit": {
      "command": "/ABSOLUTE/PATH/rdkit-mcp-server/.venv/bin/python",
      "args": [
        "/ABSOLUTE/PATH/rdkit-mcp-server/run_server.py",
        "--transport",
        "stdio",
        "--settings",
        "/ABSOLUTE/PATH/rdkit-mcp-server/recipe-settings.yaml"
      ],
      "type": "stdio"
    }
  }
}

官方来源

预期结果

项目 JSON 有效，使用绝对路径与 --transport stdio。

7. 配置 Windows 项目 MCP

Windows

{
  "mcpServers": {
    "rdkit": {
      "command": "C:\\ABSOLUTE\\PATH\\rdkit-mcp-server\\.venv\\Scripts\\python.exe",
      "args": [
        "C:\\ABSOLUTE\\PATH\\rdkit-mcp-server\\run_server.py",
        "--transport",
        "stdio",
        "--settings",
        "C:\\ABSOLUTE\\PATH\\rdkit-mcp-server\\recipe-settings.yaml"
      ],
      "type": "stdio"
    }
  }
}

官方来源

预期结果

项目 JSON 有效，使用绝对路径与 --transport stdio。

8. 配置 Linux 项目 MCP

Linux

{
  "mcpServers": {
    "rdkit": {
      "command": "/ABSOLUTE/PATH/rdkit-mcp-server/.venv/bin/python",
      "args": [
        "/ABSOLUTE/PATH/rdkit-mcp-server/run_server.py",
        "--transport",
        "stdio",
        "--settings",
        "/ABSOLUTE/PATH/rdkit-mcp-server/recipe-settings.yaml"
      ],
      "type": "stdio"
    }
  }
}

官方来源

预期结果

项目 JSON 有效，使用绝对路径与 --transport stdio。

9. 重载 Cursor 并查看工具

全部平台

重载工作区或重启 Cursor，在 MCP 设置启用 rdkit，并打开 Agent 对话。核对 MolWt、ExactMolWt、CalcMolFormula、CalcTPSA、CalcCrippenDescriptors，调用前检查请求中的 SMILES。

官方来源

预期结果

连接器已启用，五个所选工具均可用。

10. 运行阿司匹林验收 Prompt

全部平台

在启用 rdkit 的 Cursor Agent 对话粘贴，检查真实调用；模型记忆回答不能视为 MCP 测试通过。

请使用 rdkit 连接器分析阿司匹林，SMILES 为 CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O。请以该字符串作为 smiles 参数，实际调用 CalcMolFormula、MolWt、ExactMolWt、CalcTPSA 和 CalcCrippenDescriptors。逐项列出工具返回值、单位和工具名称，区分平均分子质量与单同位素质量，并说明 logP 是计算描述符而非实验测量值。工具缺失或失败时明确说明，不要用模型记忆补齐数值。

官方来源

预期结果

实际调用使用指定 SMILES；分子式为 C9H8O4；平均分子质量约 180.159 g/mol（容差 0.02），单同位素质量约 180.04226 Da（容差 0.001），TPSA 约 63.60 Å²（容差 0.1）；CalcCrippenDescriptors 返回 logP 与摩尔折射率，约为 (1.3101, 44.7103)（容差 0.05）。这是待实测的预期基线，并非本次运行结果。

11. 检查非法输入处理

全部平台

在启用 rdkit 的 Cursor Agent 对话粘贴，检查真实调用；模型记忆回答不能视为 MCP 测试通过。

请使用 RDKit 工具分析 SMILES：not-a-smiles。先校验输入；如不合法，报告校验失败或工具错误并停止，不要编造分子性质。

官方来源

预期结果

明确拒绝非法 SMILES，不编造分子式或描述符数值。

故障排除

无服务器：确认 .cursor/mcp.json 属于当前工作区，且连接器已启用。
ENOENT 或导入错误：使用绝对路径及安装时的同一个 .venv 解释器。
协议或连接错误：确认 --transport stdio，不启动默认 SSE。
无工具：检查 recipe-settings.yaml 与五个允许名称，然后重载。
Agent 未调用工具：明确要求真实调用并检查轨迹。
远程路径失败：在实际运行主机安装，另行记录环境。

仍无法运行

替代方案

可使用同一服务器的 Claude Desktop 方案；无需编码助手时可直接在 Python 中使用 RDKit。