将 Claude Desktop 接入本地 RDKit MCP，通过 SMILES 计算分子式、平均与精确分子质量、TPSA 和 Crippen 描述符，并提供可复现的安装配置与验收步骤。
Claude Desktop 负责对话与工具选择，TandemAI 的 RDKit MCP 服务器调用 RDKit 完成计算。源码固定为 3a7000ae62e94e095ecd804a403fca12982570cb，对应服务器包 0.2.3、RDKit 2025.3.1。本方案不需要 PubChem，也不需要 OpenAI API Key；Claude 的账号与套餐费用另行考虑。
上游声明 Python >=3.10，本方案选用 Python 3.11。准备 Git、包含 venv/pip 的 Python，以及允许本地 MCP 的 Claude Desktop。下方分别提供 macOS 和 Windows 步骤。Linux 服务端部署不包含在这套桌面接入流程中。 RDKit 在本地计算，但对话和工具结果由 Claude 云端处理，不能作为完全离线方案。
服务器默认使用 SSE，本方案显式使用 stdio，并仅开放所需的五个工具，不启动监听端口。
RDKit MCP Server (TandemAI)
RDKit
| 客户端 | 操作系统 | 架构 | 版本要求 |
|---|---|---|---|
| Claude Desktop | macOS | arm64 / x64 | 见组件版本要求 |
| Claude Desktop | Windows | x64 | 见组件版本要求 |
| Python | macOS | 不限 | >= 3.10 |
| Python | Windows | 不限 | >= 3.10 |
| Python | Linux | 不限 | >= 3.10 |
全部平台
安装 Git、Python 3.11 和 Claude Desktop，确认账号或组织策略允许本地 MCP。使用新的目录克隆仓库。本方案中的命令供实际操作使用，当前尚未执行安装。
Git 与 Python 可用，已安装的 Claude 客户端允许本地 MCP。
macOS
在终端运行。保留源码目录及其虚拟环境；安装方式沿用上游 pip install .，通过独立解释器隔离依赖。记录命令显示的组件版本。
git clone https://github.com/tandemai-inc/rdkit-mcp-server.git
cd rdkit-mcp-server
git checkout 3a7000ae62e94e095ecd804a403fca12982570cb
python3.11 -m venv .venv
.venv/bin/python -m pip install .
.venv/bin/python -m pip show rdkit rdkit-mcp-server mcp
安装完成，RDKit 显示 2025.3.1，服务器包显示 0.2.3。
Windows
在 PowerShell 运行。直接调用虚拟环境 Python，无需激活 PowerShell 脚本。如果没有 py 启动器，将 py -3.11 替换为 Python 3.11 的绝对路径。
git clone https://github.com/tandemai-inc/rdkit-mcp-server.git
cd rdkit-mcp-server
git checkout 3a7000ae62e94e095ecd804a403fca12982570cb
py -3.11 -m venv .venv
.\.venv\Scripts\python.exe -m pip install .
.\.venv\Scripts\python.exe -m pip show rdkit rdkit-mcp-server mcp
安装完成，RDKit 显示 2025.3.1，服务器包显示 0.2.3。
全部平台
将 YAML 保存为仓库目录下的 recipe-settings.yaml。不要直接照搬上游示例：示例中包含重叠的允许和阻止规则。这里的名称已与源码工具包装函数核对；允许列表也能减少向客户端暴露的工具数量。
ALLOW_LIST:
- MolWt
- ExactMolWt
- CalcMolFormula
- CalcTPSA
- CalcCrippenDescriptors
BLOCK_LIST: []
YAML 包含所列五个允许工具，阻止列表为空。
macOS
打开 Claude Desktop 的 Settings > Developer > Edit Config，把本条目合并到已有 mcpServers 对象中，保留其他服务器。所有 /ABSOLUTE/PATH 均替换为真实绝对路径。配置位置为 ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json；不依赖 shell 展开路径。
{
"mcpServers": {
"rdkit": {
"command": "/ABSOLUTE/PATH/rdkit-mcp-server/.venv/bin/python",
"args": [
"/ABSOLUTE/PATH/rdkit-mcp-server/run_server.py",
"--transport",
"stdio",
"--settings",
"/ABSOLUTE/PATH/rdkit-mcp-server/recipe-settings.yaml"
]
}
}
}JSON 有效，包含解释器、脚本、设置文件的绝对路径以及 --transport stdio。
Windows
打开 Claude Desktop 的 Settings > Developer > Edit Config，把本条目合并到已有 mcpServers 对象中，保留其他服务器。C:\ABSOLUTE\PATH 替换为真实绝对路径，JSON 中的反斜杠需要转义。配置位置为 %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json。
{
"mcpServers": {
"rdkit": {
"command": "C:\\ABSOLUTE\\PATH\\rdkit-mcp-server\\.venv\\Scripts\\python.exe",
"args": [
"C:\\ABSOLUTE\\PATH\\rdkit-mcp-server\\run_server.py",
"--transport",
"stdio",
"--settings",
"C:\\ABSOLUTE\\PATH\\rdkit-mcp-server\\recipe-settings.yaml"
]
}
}
}JSON 有效，包含正确转义的 Windows 绝对路径以及 --transport stdio。
全部平台
完全退出并重新打开 Claude Desktop，在 Developer 连接状态与连接器工具列表中检查 MolWt、ExactMolWt、CalcMolFormula、CalcTPSA 和 CalcCrippenDescriptors。如需授权工具调用，检查 SMILES 参数。不要另行启动默认 SSE 服务器。
连接器显示已连接，并提供所列五个工具。
全部平台
新建对话并启用 RDKit 连接器，粘贴此 Prompt。检查实际工具调用记录，仅凭模型记忆生成的文字回答不能作为验收通过。
请使用 rdkit 连接器分析阿司匹林，SMILES 为 CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O。请以该字符串作为 smiles 参数，实际调用 CalcMolFormula、MolWt、ExactMolWt、CalcTPSA 和 CalcCrippenDescriptors。逐项列出工具返回值、单位和工具名称，区分平均分子质量与单同位素质量，并说明 logP 是计算描述符而非实验测量值。工具缺失或失败时明确说明，不要用模型记忆补齐数值。实际调用使用指定 SMILES；分子式为 C9H8O4；平均分子质量约 180.159 g/mol（容差 0.02），单同位素质量约 180.04226 Da（容差 0.001），TPSA 约 63.60 Ų（容差 0.1）；CalcCrippenDescriptors 返回 logP 与摩尔折射率，约为 (1.3101, 44.7103)（容差 0.05）。这是待实测的预期基线，并非本次运行结果。
全部平台
单独提交此 Prompt。工具明确报错或输入校验失败后停止计算，均可接受；不能接受针对非法输入编造的性质数值。
请使用 RDKit 工具分析 SMILES：not-a-smiles。先校验输入；如不合法，报告校验失败或工具错误并停止，不要编造分子性质。明确拒绝非法 SMILES，不编造分子式或描述符数值。
如需不经过云端对话的本地计算，可直接使用 RDKit Python：https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html 。PubChem 查询属于另外的数据补全流程，本方案不依赖它。RDKit 描述符不能等同于实验测量性质。