概览
Phonopy Skill 是 computational-chemistry-agent-skills 集合中的一份指令资源，路径为 analysis/phonopy/SKILL.md。它指导助手围绕 phonopy 开展声子工作流，同时将位移生成与分析同计算力的引擎区分开来。它不是上游 Phonopy 软件包，也不是可独立运行的智能体。指令列出了 VASP、Quantum ESPRESSO 和机器学习力场等力提供方选项，但并未证明这些集成经过测试。
工作流从有效结构及其晶胞或原胞背景开始。用户需要指定力计算后端、超胞、位移幅度和所需输出。能带计算还需要定义路径并选择采样参数；态密度和热学计算则需要网格设置，热学性质计算还需要温度设置。Skill 指导助手生成位移后的超胞、保持其与力文件之间的对应关系、检查数据集是否完整，并组装 FORCE_SETS 或力常数。预期交付内容包括位移任务布局、组装状态、所请求的分析文件，以及假设和未解决事项的记录。
指令要求提供有效结构以及位移超胞的力或预先计算的力常数，并指示助手在缺少输入时提出请求，而不是编造数据。后端执行和集群提交属于单独的工作流。科学局限需要明确说明：超胞过小、单位不一致、收敛不足以及能带路径含糊，都可能影响结果解读。还必须报告相关的长程相互作用或非解析修正设置。这些内容是有文档说明的工作流要求，并非科学结果经过验证的证据。
主要功能
- 定义与后端无关的职责划分：Skill 负责组织位移和声子分析，另行指定的力提供方负责计算力。
- 根据所请求的分析收集结构、超胞、位移、原胞、对称性、网格和能带路径等设置。
- 要求建立可追溯的位移与力文件对应关系，并在组装力常数前检查力数据是否完整。
- 指导组装 `FORCE_SETS` 或力常数，并继续进行能带结构、态密度和热学性质分析。
- 要求明确报告假设、尚未解决的科学选择、收敛方面的注意事项，以及相关的非解析修正设置。
- 明确禁止编造力数据或直接提交集群任务，并提供转交给后端及任务提交工作流的指引。
使用场景
- 建议的评估方式：针对给定的周期性结构，组织有限位移能带结构工作流，并将力计算交由选定的 DFT 后端。
- 建议的评估方式：评估机器学习力提供方工作流是否能返回完整且映射一致的力数据，以用于声子态密度和热学分析。
- 建议的评估方式：在解读输出前，审查声子任务是否缺少力文件、能带路径约定是否不明确、单位是否不一致，以及收敛设置是否尚未解决。
使用方式
- 阅读指定的 Skill及其所属的集合。将其视为工作流指令；其中列出的前提是具备
phonopy，并使用单独的力提供方工作流。 - 提供真实的结构文件及晶胞背景。说明是否已有位移超胞的力或预先计算的力常数，并在继续前补齐缺失的必需输入。
- 指定分析目标、后端、超胞和位移幅度。明确原胞和对称性选择；视需要补充能带路径或网格以及温度设置。
- 按照 Skill 的位移工作流操作，并将位移结构交给所选后端。确保每个位移都与其力输出对应；执行和任务提交应遵循单独的后端或提交指引。
- 组装
FORCE_SETS或力常数前，检查数据完整性和单位约定。请求所需的分析输出，然后检查假设、收敛方面的注意事项、虚频以及相关的长程设置。应将此检查视为评估，而非科学有效性的证明。