概览
PubMed MCP (cyanheads) 以 @cyanheads/pubmed-mcp-server 的形式提供，面向生物医学文献工作流提供 MCP 接口。它是第三方实现，并非 PubMed 本身；所提供的来源不能证明其获得 NCBI 或其他上游提供方的认可。MCP 客户端可通过本地 stdio 进程、自托管的 Streamable HTTP 服务器，或项目文档中的公共端点连接。该服务器提供文献工具、数据库信息资源和研究规划提示，而不是自主研究者。
输入包括 PubMed 查询表达式、结构化筛选条件、日期范围、文章标识符、不完整参考文献和 MeSH 查找词。输出包括带有效查询详情的检索结果、文章元数据与摘要、可获取的全文、相关文章链接和格式化参考文献。Europe PMC 检索可将发现范围扩展到预印本、专利和 Agricola 条目等记录。全文检索会尝试 PMC、Europe PMC，以及在配置联系邮箱后使用 Unpaywall；响应会标明检索提供方，并报告内容不可用或被截断的情况。
文档所述工作流支持文献发现、记录检查、词表优化和参考文献导出。文章元数据可能包含关联的撤稿和更正通知，批量响应则会保留单条结果的失败信息。这些功能有助于客户端检查检索来源，但不能证明科学有效性或文献覆盖的完整性。标识符转换仅适用于 PMC 收录的文章，Unpaywall 文本提取明确属于尽力而为。仓库代码采用 Apache-2.0 许可；该代码许可不决定文章的再利用权利，也不决定托管服务条款。所提供的摘录描述了功能和设置，但未独立验证检索准确性或进行科学测试。
主要功能
- 使用原生查询语法、结构化筛选条件和日期范围检索 PubMed，并报告有效查询；另行检索 Europe PMC，以获取其他类型的记录。
- 按 PMID 检索文章元数据和摘要，包括 MeSH 词、可选的资助信息，以及关联的撤稿、更正或评论通知。
- 通过 PMC、Europe PMC 和已配置的 Unpaywall 后备来源，根据 PMID、PMCID 或 DOI 输入检索可获取的全文，并提供来源标注、失败原因和截断情况报告。
- 查找 MeSH 主题词及其详情、建议拼写更正、解析不完整引文，并转换 PMC 收录文章的标识符。
- 通过标明名称的后备提供方查找相似文章、引用该文的文章或参考文献，并以 APA、MLA、BibTeX、RIS 或 Vancouver 格式导出引文。
- 通过 `pubmed://database/info` 提供实时 PubMed 数据库元数据，并提供带参数的四阶段 `research_plan` 提示。
使用场景
- 建议的评估方式：为药物靶点或疾病机制建立 MCP 辅助的文献范围界定工作流，并将 PubMed 结果与 Europe PMC 预印本进行比较。
- 建议的评估方式：在选定研究简报所需论文之前，检查摘要、MeSH 标注以及关联的更正或撤稿通知。
- 建议的评估方式：核对 DOI、PMID 和 PMCID 参考信息，然后导出选定书目，以供后续参考文献管理。
- 建议的评估方式：检索可访问的全文以提取证据，同时保留提供方、内容缺失和截断信息。
使用方式
- 阅读项目 README，并选择文档所述的连接方式：公共 Streamable HTTP、本地 stdio 或自托管 HTTP。请将这些方式视为访问该封装服务的选项，而不是安装 PubMed 服务的方式。
- 若使用托管访问，请将 MCP 客户端配置为使用文档列出的端点。若在本地部署，请遵循 README 中的软件包、运行环境和客户端配置说明，不要假定与客户端兼容。
- 查看 README 的配置部分。按需设置 NCBI 联系信息；若要评估该全文检索层级，请配置
UNPAYWALL_EMAIL，并检查是否启用了 Europe PMC。 - 从范围明确的问题开始。使用
pubmed_lookup_mesh优化词表，并使用pubmed_search_articles检索记录；检查有效查询和已应用的筛选条件。 - 获取所选记录的元数据和可用全文，并检查不可用的标识符、提供方标注、关联通知和截断情况。核验记录后再导出引文。作为评估步骤，可抽样与源记录进行比较，并将代码许可与文章再利用条款分别查看。