概览
RCSB MCP (cnyambura) 将 MCP 客户端连接到用于访问 RCSB Protein Data Bank API 的工具。它的作用是检索数据：助手可以请求条目元数据、查看聚合物实体、下载结构文件，或提交自定义端点查询。该仓库是 RCSB 服务的第三方接口，并非数据库本身；所提供的来源未能证明其获得上游认可。
文档列出的输入包括四字符 PDB 标识符、聚合物实体编号、API 端点路径，以及以 JSON 字符串编码的可选查询参数。条目查询会返回 JSON，其中包含标题、实验方法、分辨率、日期、作者和来源生物等字段。聚合物查询会返回分子名称、序列、分子量、实体类型和生物信息。结构下载支持 PDB、mmCIF 和 PDBML/XML 格式，以及相应的压缩版本，并返回状态和本地文件路径。
README 介绍了独立运行方式和 Claude Desktop 配置，而项目元数据声明了 Python 和 MCP 相关依赖。自定义查询工具扩展了对文档所述 assembly、非聚合物实体和 UniProt 交叉引用端点的访问。生物体搜索工具的用途较窄：它返回说明和示例查询，而非一组已检索到的匹配结构。所提供的证据描述的是数据访问功能，不包括结构预测、对接或科学验证。因此，在将服务器纳入研究工作流之前，建议评估检索准确性、输出的可用性以及客户端集成情况。
主要功能
- `get_pdb_entry` 检索条目级 JSON，其中包括实验方法、分辨率、日期、作者和来源生物。
- `get_polymer_entity` 检索蛋白质、DNA 或 RNA 实体详情；实体标识符为可选项，默认值为 "1"。
- `download_structure_file` 支持 PDB、mmCIF 和 PDBML/XML 文件及其压缩版本，并允许设置输出目录和文件名。
- `query_rcsb_api` 接受端点路径和可选的 JSON 字符串参数，并以 JSON 形式返回 API 响应。
- `search_pdb_by_organism` 提供生物体搜索说明和示例查询，而不是执行有文档说明的搜索。
- README 提供了独立服务器运行和 Claude Desktop 集成说明。
使用场景
- 建议的评估方式：检索选定 PDB 条目的元数据，为结构生物学文献研究或数据集整理工作流提供支持。
- 建议的评估方式：在为下游分析选择结构之前，查看聚合物序列和实体说明。
- 建议的评估方式：下载所需格式的结构，并在使用独立的可视化或建模软件之前核实返回的文件路径。
- 建议的评估方式：查询 assembly 或配体相关端点，为基于结构的研究收集背景记录。
使用方式
- 阅读仓库 README，了解可用工具，并判断元数据检索、文件下载或自定义查询是否适合你的工作流。
- 查看 pyproject.toml 中的 Python 要求和声明的依赖。按照 README 记录的依赖安装方式操作；所提供的摘录并未证实经过测试的平台兼容性。
- 选择独立运行或 README 所述的 Claude Desktop 集成。若采用桌面集成，请将示例中的本地仓库路径替换为你自己的路径，并按照说明重启客户端。
- 使用选定的 PDB 标识符测试条目查询和聚合物实体查询。在下游使用前，根据 README 描述的字段检查返回的 JSON。
- 指定格式和目标位置，测试结构下载，然后检查返回状态和文件路径。对于自定义端点，请查阅链接的 RCSB Data API 和 web-services overview。请将生物体搜索输出视为指导，而不是搜索结果。