三个问题，三种模型角色

选择设计路线时，先明确要生成什么。RFdiffusion 生成蛋白骨架，支持基序支架和结合蛋白设计等条件设计场景。ProteinMPNN 根据给定骨架提出氨基酸序列。Boltz 根据指定实体预测生物分子结构；Boltz-2 还提供独立的小分子亲和力模块。这些角色可互补，但多个模型输出串联后仍是设计假设。

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根据缺少的信息选择工具

研究需求 候选角色 仍需回答的问题
在几何约束下提出新支架 RFdiffusion 生成几何及约束是否合格？
为选定骨架提出序列 ProteinMPNN 链和残基映射是否保留？
对指定序列或实体预测结构、复合物 Boltz 局部及界面置信度说明什么？

这是编辑性的决策框架，不是排名。已有固定序列时，并不必然需要生成新骨架。目标若是功能，应先定义实验终点，再选择计算筛选条件。

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文件交接是科学契约

RFdiffusion 文档描述 PDB 结构输出及配套设计元数据；ProteinMPNN 使用解析后的骨架信息，输出 FASTA 设计序列。Boltz 的 YAML 区分蛋白、DNA、RNA 和配体实体，配体采用 SMILES 或 CCD 标识，蛋白的 MSA 处理也需明确。扩展名相同不能证明兼容。应保留设计标识、链 ID、残基编号、固定位置、缺失残基及约束设置，并在准备下一阶段输入前核对。

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计算检查与生物学证据分开

可检查基序和链边界是否保留、几何是否合理，以及设计序列的预测结构与目标骨架的关系；这些是建议的质量检查点。高置信度不是表达、折叠产率、结合或功能的测量。尤其要注意，Boltz-2 的亲和力模块面向小分子与蛋白靶标，不能用来评价蛋白–蛋白结合亲和力。记录代码版本、权重身份及许可、随机种子、参数与全部剔除设计；使用远程 MSA 服务还涉及独立的序列传输决策。

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来源与证据边界

来源检查日期为 2026-10-08。固定版本的项目文档支持能力描述，评估选择属于编辑建议。本文不报告已执行工作流、实测性能或实验验证。