看分数前先定义预测任务

Boltz-2 的结构预测与亲和力预测回答不同问题。文档中的 YAML 接受蛋白、DNA、RNA 和配体实体，配体由 SMILES 或 CCD 描述；亲和力需另行请求。结构合理的复合物不能提供实验结合测量。本文用于解读结果，操作配置请参阅关联 Recipe。

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置信度不是亲和力

输出 文档中的含义 不应推断
pLDDT / complex_plddt 局部或汇总结构置信度 实验功能
pTM / ipTM 及链、界面变体 整体或界面结构置信度 实测结合强度
PDE 预测距离误差，单位 Å 结合自由能
confidence_score 用于结构样本排序的分数 经验证的结合概率

文档将 confidence_score 定义为 0.8 × complex_plddt + 0.2 × iptm，单链使用 ptm。汇总 JSON 中 pLDDT 类分数的标度为 0–1。应保留字段和文件语境，不假定所有显示的 pLDDT 标度相同。高置信度不能确定实验测定条件或实验结合。

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两个亲和力输出，不同用途

affinity_probability_binary 是 0–1 的模型预测结合概率，用于区分结合分子与诱饵。它既不是结构置信度，也不能证明新筛选集上的概率已校准。affinity_pred_value 面向活性分子及其小幅修改之间的配体优化比较。两者监督来源不同，不应混成一个未区分语义的分数。

其报告标度可写为 y = log10(IC50 / µM)：y = −3 对应 1 nM，y = 0 对应 1 µM，y = 2 对应 100 µM。这是单位换算示例，不是实测结果；在此约定下，y 越低表示预测结合越强。它不是 Kd。无量纲 pIC50 = 6 − y，但不能据此确定结合自由能。文档出现“pIC50 in kcal/mol”的表述，本文不采用该表述。

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遵守配体适用范围

亲和力计算只能选定一个小分子配体链，以蛋白为靶标；结合实体不能是蛋白、DNA 或 RNA。文档给出最多 128 个原子的限制，计数包括重原子及 RDKit RemoveHs 保留的氢，并不建议显著超过同一计数规则下 56 原子训练上限的配体。通过输入检查不代表科学适用。以 RNA、DNA 或辅因子为靶标可能不会报错，但文档明确认为该模块的输出不可靠。

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保留比较结果所需的语境

记录实体身份、化学表示、靶标序列、MSA 来源、软件版本、两类权重、采样设置及 affinity_mw_correction。使用 --use_msa_server 时会向配置的服务发送蛋白序列；本地推理不等于全程数据仅留本地。共同保存结构与亲和力输出，保留失败输入；对齐终点与设置后，再用独立实验测定证据评估。本文不声称执行过模型或实验验证。

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来源与证据边界

来源检查日期为 2026-10-08。固定版本的项目文档支持能力描述，评估选择属于编辑建议。本文不报告已执行工作流、实测性能或实验验证。