概览
Mordred 计算分子描述符，供化学信息学工作流使用。它提供处理分子文件的命令行界面，以及接受 RDKit 分子对象的 Python 库接口。其作用是将分子结构转换为数值特征；所提供的资料介绍的是描述符计算，而非经过训练的分子性质预测模型。README 报告，在其示例配置中包含 1,613 个二维描述符和 213 个三维描述符，总计 1,826 个。
命令行工作流接受 SMI、SDF 和 MOL 文件，并支持自动选择或显式指定输入格式。结果可以 CSV 格式写入标准输出，也可以保存到文件。用户可以选择描述符类别、提供多个输入文件、配置进程数，或采用流式输入。在 Python 中，Calculator 可以为单个 RDKit 分子计算描述符，也可以基于多个分子生成 pandas 表格。文档列出的描述符类别包括原子数和键数、环数量、拓扑指数、氢键描述符和 SLogP。
准备可比较的特征表时，配置很重要。库示例使用 ignore_3D=True 排除三维描述符，而命令行的三维选项要求输入 SDF 或 MOL。文档将流式处理描述为一种不需要获知分子数量的低内存模式。README 推荐通过 conda 安装，也说明了先安装 RDKit 再通过 pip 安装的方式；所提供的 setup 文件声明了依赖约束。这些摘录无法证明它与当前环境兼容，也无法证明其预测准确性，因此安装检查和下游模型评估仍应作为单独任务处理。
主要功能
- 计算二维和三维分子描述符；README 示例报告 1,613 个二维描述符和 213 个三维描述符。
- 通过命令行界面接受 SMI、SDF 和 MOL 文件，并将描述符结果写入标准输出或 CSV 文件。
- 支持选择描述符类别，包括 ABCIndex 和 AcidBase，无需使用完整的描述符集合。
- 支持处理多个输入文件，并提供可配置的进程数和流式输入。
- 提供面向 RDKit 分子对象的 Python Calculator 接口，可生成单分子结果和 pandas 表格输出。
- 可在库接口中排除三维描述符；命令行三维计算要求输入 SDF 或 MOL 文件。
使用场景
- 建议评估：为 QSAR 或分子性质建模流程准备二维描述符表，然后单独评估模型性能。
- 建议评估：使用 RingCount、HydrogenBond 或 AcidBase 等选定类别，对化合物集合中的文档所述结构描述符进行比较。
- 建议评估：在目标环境中检查输出完整性和内存使用情况，以评估流式输入是否适用于较大的分子文件工作流。
- 建议评估：使用合适的 SDF 或 MOL 输入比较仅含二维特征和包含三维特征的特征集，不预设其具有预测优势。
使用方式
- 查阅 README 了解文档所述的安装方式。README 推荐 conda；通过 pip 安装则要求预先安装 RDKit。请根据目标环境核对所提供的依赖约束，不要假设其与当前环境兼容。
- 按照 README 中的安装测试流程操作，然后再处理数据集合。将此步骤视为本地环境检查，而非对科学适用性的验证。
- 准备一小批具有代表性的 SMI、SDF 或 MOL 输入。评估命令行三维选项时使用 SDF 或 MOL，并决定初始表格是否应仅包含二维描述符。
- 参照 官方示例，选择命令行文件输出或基于 RDKit 的 Calculator 接口。如果不需要完整集合，可选择描述符类别；库接口也支持 pandas 输出。
- 下游使用前先检查生成的表格。查阅 主文档 获取更多指南，然后在自己的数据上分别评估描述符的适用性和任何预测模型。