化学信息学

PubChem PUG REST 是一种 HTTP API，可用于获取选定的化学记录、性质和测定信息，并支持文档中列明的标识符输入、结构搜索及按操作区分的输出格式。

化学信息学 · 科学数据

一项用于 cheminformatics 工作流的 rdkit-agent 指令 Skill，重点包括化学字符串验证、结构化 JSON 交换、限制输出范围，以及说明 RDKit WASM 的已记录限制。

化学信息学

K-Dense Scientific Agent Skill，用于指导基于 Datamol 的分子制备、相似性分析、骨架工作流和构象处理，并提供输入验证与可复现性方面的指导。

化学信息学 · 药物发现

RDKit Skill (K-Dense) 提供操作指南、参考资料和 Python 辅助工具，用于分子解析、描述符计算、相似性筛选、子结构过滤和结构操作。

化学信息学

ChemCP 是一款 MCP App，可使用 RDKit.js 将 SMILES 字符串转换为交互式二维分子图和计算描述符，并为支持 MCP Apps 的主机提供聊天内查看器。

化学信息学

RDKit MCP Server (TandemAI) 将支持 MCP 的语言模型连接到 RDKit 工具，并提供 OpenAI 驱动的命令行客户端，以及用于评估工具输出和智能体响应的评估套件。

化学信息学

Chemistry Development Kit (CDK) 是一个 Java 库，可在其他程序中用于化学表示、文件转换、结构搜索、指纹生成、QSAR 描述符计算和分子渲染。

化学信息学

Open Babel 是一套化学数据工具包，提供开箱即用的程序和 Python 接口，可用于格式转换、分子搜索以及生成二维或三维坐标。

化学信息学

Mordred 是一款 Python 分子描述符计算器，支持命令行和基于 RDKit 的库工作流，可生成用于化学信息学分析和下游模型评估的描述符表。

分子性质预测 · 化学信息学

SELFIES 是一种分子字符串表示形式和 Python 库，可用于转换 SMILES、准备 token 编码，并在可配置的语义约束下生成分子图。

分子生成 · 化学信息学

Datamol 是一个基于 RDKit 构建的 Python 分子处理库，提供结构转换、标准化、指纹、构象生成、可视化以及本地或远程文件 I/O 工具。

化学信息学

Molfeat 是一款用于小分子特征化的 Python 工具包，将分子指纹、描述符和预训练嵌入与并行转换、缓存及可扩展插件相结合。

分子性质预测 · 化学信息学

PubChemPy 是 PubChem PUG REST API 的 Python 封装，支持化学物质搜索、化合物属性检索、标准化、文件格式转换和结构绘制。

化学信息学 · 科学数据

PubChem MCP (PhelanShao) 是一个 Python MCP 服务器，可让 AI 客户端按名称或 CID 检索 PubChem 化合物属性和结构，并提供 JSON、CSV、XYZ 输出以及可下载的结构文件。

化学信息学 · 科学数据

PubChem MCP (cyanheads) 将 MCP 客户端连接到 PubChem 化合物和生物测定数据，支持标识符和结构搜索、性质检索、安全记录、交叉引用及 3D 构象。

化学信息学 · 科学数据

Scientific Agent Skills 为 AI 智能体提供程序性指导，帮助其使用科学软件包、数据库和研究工作流，涵盖化学信息学、光谱学和材料分析等领域。

化学信息学 · 科学数据

ChemCrow 是一个基于 Python、使用 Langchain 构建的化学智能体软件包，可将语言模型推理与 RDKit、paper-qa、化学数据库和反应规划工具连接起来。

化学信息学 · 文献与研究

RxnMapper 利用无监督 ALBERT 模型的注意力机制，为有效的反应 SMILES 分配原子映射，并通过 Python 接口返回映射反应和置信度分数。

化学信息学 · 反应预测

RDKit 是一款开源化学信息学工具包，可用于二维和三维分子操作、描述符与指纹生成，以及通过 PostgreSQL cartridge 进行化学搜索。

化学信息学