OpenMM 是分子模拟工具库；其官方配套 OpenMM-ML 扩展可将机器学习势接入模拟流程。
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核心软件提供模拟与可编程力计算。机器学习模型的调用来自单独安装的 OpenMM-ML 及相应模型包，不能声称核心安装即包含所有模型。
限制
OpenMM 各组件许可不同。OpenMM-ML 与模型依赖需另外安装；本次未运行安装或动力学验证。
阅读 OpenMM 文档和官方 OpenMM-ML README，分别准备引擎、扩展及模型包。依据示例建立体系并检查适用范围。
Allegro 在 NequIP 框架中作为扩展实现 E(3)-等变原子间势，并提供文档说明的 GPU 加速选项，以及用于 LAMMPS 模拟的独立插件。
计算化学 · 材料发现
ASE 是原子模拟的 Python 工具库，通过统一计算器接口连接传统计算程序和外部机器学习势。
计算化学
computational-chemistry-agent-skills 集合中的 ASE 路由 Skill，将工作流准备与计算器配置分开，并将执行委托给其他环节。
计算化学 · 材料发现
Cantera Skill (K-Dense) 提供用于均相点火计算的操作说明和 Python 辅助工具，并包含机理来源记录、守恒诊断和数值细化检查。
计算化学 · 工艺优化
ChemAgent (AI4Chem) 是一个面向化学与材料领域工具使用的研究框架，与 CheMatAgent 论文相关；该论文介绍了基于树搜索的规划、工具执行以及基于 ChemToolBench 的训练。
计算化学 · 材料发现
ChemAgent 是一个化学推理研究框架，通过拆解问题并检索可复用记忆来支持推理；其发布的代码可用于构建记忆池和运行 SciBench 实验。
计算化学
从训练域、能量与导数输出、计算器接口、模型资产许可及参考验证出发，比较材料研究中的原子间势与框架。
理解 ASE 计算器、固定与可变晶胞、力收敛及机器学习势优化成功之后仍需完成的科学验证。
区分 RFdiffusion 骨架生成、ProteinMPNN 序列设计和 Boltz 预测，理解文件交接、适用条件及实验验证边界。