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使用 UniProt MCP 开展蛋白质研究

通过 Claude Desktop 查询已审核 UniProtKB 蛋白记录，明确物种与 accession，保留功能注释、证据和来源标识。

难度: 中等费用: 免费与付费混合隐私: 云端 ~30 分钟

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公开链接：https://chemaiatlas.com/zh/recipes/protein-research-uniprot-mcp/

你将能够

按基因、物种和审核状态查找蛋白。
获取带证据与交叉引用的注释记录。

你将构建什么

范围

在 Claude Desktop 中使用 Node.js >=24 与 @cyanheads/uniprot-mcp-server 0.2.4，公开 UniProt 查询无需 API Key。本地 MCP 访问外部 UniProt API，返回注释会进入 Claude。此流程获取已有条目，不生成新的蛋白结构或临床预测。

标识与证据

用分类号 9606 限定人类，记录条目是否 reviewed。单独使用基因名可能有歧义；获取详情使用标准 accession，同工型后缀和预测序列需另行处理。注释及交叉引用依赖数据库版本，保留来源、检索日期与证据标签。

UniProt 条目检索

UniProt MCP (cyanheads)

组合组件

UniProt MCP (cyanheads)

UniProt 条目检索 · 0.2.4

固定 npm 包，在线 UniProt 注释可能变化。

费用与许可请核对上游及客户端、服务账号条款。

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兼容环境

客户端	操作系统	架构	版本要求
Claude Desktop	macOS	不限	见组件版本要求
Claude Desktop	Windows	不限	见组件版本要求

安装与测试

1. 准备 Node.js 与 Claude Desktop

全部平台

安装包含 npm 的 Node.js 24 或更新版本及 Claude Desktop，确认允许本地 MCP，且可通过 HTTPS 访问目标数据库。此 Node 方案不需要 Bun。

node --version
npm --version

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预期结果

Node 显示 v24 或更新版本，npm 可用。

2. 在独立目录安装固定 MCP 包

全部平台

在新的可写工作目录执行，将服务器安装到 .mcp-packages，保留 lockfile 用于记录实际依赖。上游 npx 入口与本地 dist/index.js 入口使用同一个发布包。

npm install --prefix .mcp-packages @cyanheads/[email protected]
npm ls --prefix .mcp-packages --depth=0

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预期结果

安装清单中显示要求的精确包版本。

3. 配置 macOS 的 Claude Desktop

macOS

打开 Settings > Developer > Edit Config，将条目合并到 mcpServers，替换所有占位绝对路径，包括 node 可执行文件，保留已有服务器。基线查询无需 API Key，可选密钥或邮箱只写入私有配置。

{
  "mcpServers": {
    "uniprot-mcp-server": {
      "command": "/ABSOLUTE/PATH/TO/node",
      "args": [
        "/ABSOLUTE/PATH/.mcp-packages/node_modules/@cyanheads/uniprot-mcp-server/dist/index.js"
      ],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio"
      }
    }
  }
}

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预期结果

有效 JSON 使用 Node 24+ 可执行文件以 stdio 启动已安装包。

4. 配置 Windows 的 Claude Desktop

Windows

{
  "mcpServers": {
    "uniprot-mcp-server": {
      "command": "C:\\ABSOLUTE\\PATH\\TO\\node.exe",
      "args": [
        "C:\\ABSOLUTE\\PATH\\.mcp-packages\\node_modules\\@cyanheads\\uniprot-mcp-server\\dist\\index.js"
      ],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio"
      }
    }
  }
}

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预期结果

有效 JSON 使用 Node 24+ 可执行文件以 stdio 启动已安装包。

5. 重启并核对工具

全部平台

完全退出并重启 Claude Desktop，查看 Developer 状态和连接器列表。需包含工具：uniprot_search_proteins, uniprot_get_entry。

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预期结果

连接成功，所列工具可用。

6. 获取人类 TP53 条目

全部平台

在新对话粘贴并检查两个实际工具调用。

使用 uniprot_search_proteins，query 为 gene:TP53 AND organism_id:9606，reviewed=true；再通过 uniprot_get_entry 获取返回的人类 TP53 标准条目。列出 accession、审核状态、基因、物种、序列长度、功能、证据引用、UniProt 来源及日期；检查 accession 是否为 P04637。保留未知注释，不将分子注释推导为临床建议。

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预期结果

参考身份：已审核的人类 TP53，accession P04637，标准序列长度 393。与返回记录及 https://www.uniprot.org/uniprotkb/P04637/entry 对照，同工型或变体需单独标注。这是参考基线，不是本次实测结果。

7. 检查冲突的检索字段

全部平台

上游工具允许 text_search 或 query 二选一，不能同时传入。

调用 uniprot_search_proteins，同时传入 text_search="TP53" 与 query="gene:TP53"，报告校验错误，不编造条目。

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预期结果

冲突请求被拒绝。

故障排除

启动失败：检查 Node 24+、node 与模块绝对路径、JSON 语法和本地安装 lockfile。
工具缺失：完全重启客户端并查看 Developer 日志。
HTTP 429 或超时：减少请求、使用分页和退避重试，保留已成功的部分结果。
数据库字段缺失：标为不可用，不推测填充。
物种不对：限定 organism_id:9606 并检查返回分类号。
多条结果：比较 accession 与 reviewed 状态后选择。
条目过大：按需获取章节，保留 accession 与来源。
同工型查询失败：详情使用标准 accession，同工型序列另行获取。
ID 映射尚在运行：轮询返回任务票据，不重复提交。

仍无法运行

替代方案

可直接使用 UniProt 网站或 REST API。结构记录属于另一个 RCSB 流程，仅凭 UniProt 注释不能判断结构质量。