概览
nmrglue Skill 属于 K-Dense scientific-agent-skills 集合。它将处理说明与一个基于上游 nmrglue 软件包构建的辅助程序结合起来；它既不是该软件包本身，也不是可自主运行的智能体。其用途是将均匀采样的复数一维 NMR 自由感应衰减（FID）转换为校准谱图，同时明确记录采集假设和处理选项。
辅助程序接受仅包含一个复数 fid 数组的 NumPy .npz 文件，或规范的复数一维时域 NMRPipe 文件。用户需另行提供采集参数和处理设置，包括谱宽、观测频率、载波位置、复数频率约定及手动相位角。工作流程涵盖指数加窗、零填充、傅里叶变换、手动相位校正、可选线性基线校正、峰候选检测，以及指定 ppm 区间的积分。输出包括 spectrum.csv（含降序 ppm 轴和谱图分量）和 report.json（含设置、输入哈希、软件包版本、峰候选及带符号面积）。
资料描述了合成数据恢复测试和 NMRPipe 测试样例检查，并未说明对实验仪器厂商数据导入进行了普遍验证。解析 Bruker、Varian 和 JEOL 的采集数据需要单独检查；文件转换成功并不能证明解析正确。多维处理、非均匀采样、自动归属和化合物鉴定均不在该辅助程序所述范围内。面积仍以任意的信号×ppm 单位表示：辅助程序既不计算浓度，也不校正弛豫差异。用户还必须检查相位、基线、峰重叠和参照对齐情况，然后再解释结果。
主要功能
- 处理来自单数组 NumPy `.npz` 输入或规范时域 NMRPipe 文件的校准复数一维 FID。
- 执行指数线宽展宽、显式零填充、傅里叶变换及用户指定的零阶和一阶相位校正；不自动估计相位。
- 支持使用明确选定的无信号 ppm 区间进行可选线性实部基线校正。
- 通过端点插值和梯形积分报告正峰候选及带符号区间积分；超出谱轴范围的区间将被拒绝。
- 导出 `spectrum.csv` 和以来源记录为重点的 `report.json`，其中包含输入/设置的 SHA-256 哈希、软件包版本、处理设置和结果。
- 将 NMRPipe 文件头校准信息与提供的设置进行核对；遇到已处理的频域文件或相互冲突的元数据时会拒绝处理，而不会静默重新校准。
使用场景
- 建议的评估方式：处理一个具有参考表征信息的一维 FID，并在将工作流程用于研究谱图前检查 ppm 位置、复数符号约定和手动相位。
- 建议的评估方式：对同一份保留的 FID 比较不同处理选项，并使用不同输出目录，以检查基线、峰候选和带符号积分的变化。
- 建议的评估方式：在具备采集元数据的条件下评估规范 NMRPipe 时域数据的导入；不要将成功读取文件视为厂商格式转换正确的证明。
- 为指定 ppm 区间生成可复现的谱图积分记录；保留峰重叠和负面积，并将其作为解释时的警示，而不是直接换算为浓度。
使用方式
- 阅读指定的 Skill及其链接的采集验证参考资料。确认输入是在辅助程序支持范围内均匀采样的复数一维 FID。
- 保留原始输入。根据采集记录或已知参照确定谱宽、正观测频率、载波、核种、复数符号约定，以及此前是否进行过数字滤波校正；不要依赖仪器默认值。
- 按照 Skill 的
assets/processing.json模板操作，并以实测参数替换合成值。明确选择线宽展宽、零填充尺寸、首点缩放、手动相位角和积分区间。 - 按照文档从集合根目录调用辅助程序，并使用 Skill 列出的依赖项。选择新的输出目录；对于 NMRPipe 输入，核验文件头是否一致，并确认文件符合规范时域要求。
- 检查实部和虚部谱图、参照对齐、基线区间及峰伪影。查看处理函数文档以核对操作，同时留意 Skill 关于托管文档与软件包差异的警告。
- 保留
spectrum.csv和report.json。报告带符号面积和峰重叠；在进行任何定量 NMR 解释之前，先确认其他采集和参照条件。