概览
PubChem PUG REST 通过 HTTP 请求提供对部分 PubChem 信息的程序化访问。它适用于脚本、Web 应用和第三方工具中的定向检索，无需安装客户端软件包。官方规范介绍了由输入、操作和输出部分组成的 URL。此条目介绍托管 API 本身，不包括封装工具或第三方 MCP 服务器。
化合物输入包括 CID、名称、SMILES、InChI、InChIKey 和分子式，也包括结构搜索输入。文档还介绍了物质和测定数据领域。可用操作包括获取完整记录、同义词、标识符、化合物性质和测定摘要，以及相似性和同一性搜索。输出取决于具体操作，可包括 JSON、XML、SDF、PNG、TXT 或 CSV。这样，工作流程便可请求特定属性表或结构记录，而不必将每次请求都视作相同的记录导出。
教程指出，PUG REST 适用于定向请求，而非数百万次单独调用。客户端应遵守已公布的请求限制，考虑动态限流，并使用有上限的重试；批量获取需要采用合适的批量下载工作流程。URL 中的特殊字符需要编码，而 InChI 和 SDF 输入使用 POST。程序化访问概览区分了该服务的短时同步请求与 PUG View 的完整摘要报告及第三方注释。获取数据并不能通过实验验证生物活性，也不代表对每条注释都已确立再利用权利。所提供的证据既未证明该服务有代码仓库，也未证明其代码许可证。
主要功能
- HTTP 请求路径将输入规范、请求的操作和输出格式分开。
- 化合物查询接受 CID、名称、SMILES、InChI、InChIKey 和分子式作为输入；文档还介绍了物质和测定数据领域。
- 检索操作涵盖完整记录、同义词、标识符、化合物性质和测定摘要。
- 面向结构的操作包括相似性和同一性搜索。
- 依具体操作而定的输出包括 JSON、XML、SDF、PNG、TXT 和 CSV；InChI 和 SDF 输入使用 POST。
- 文档介绍了有请求限制且会动态限流的定向同步访问，而非不受限制的逐条记录批量检索。
使用场景
- 建议的应用：用文档所述的性质补充经过整理的化合物清单，同时为每条结果保留 PubChem 标识符和检索日期。
- 建议的应用：获取 SDF 结构记录，以供后续检查或化学信息学处理，并另行评估其适用性。
- 建议的应用：检索同义词和标识符，支持化学名称核对工作流程；接受含糊匹配前应先评估。
- 建议的评估方向：评估文档所述的相似性搜索或测定摘要是否满足研究工作流程的信息需求，但不要将检索结果视为实验验证。
使用方式
- 查阅 PUG REST 规范，选择适当的数据领域、输入标识符、操作和输出格式。条件允许时，优先使用稳定的记录标识符。
- 查看文档中的阿司匹林 SDF 示例，先了解结构记录请求，再将其调整为所选化合物。
- 如需定向获取性质，请查看 MolecularFormula 和 InChIKey JSON 示例。确认返回字段符合下游需求。
- 遵循规范中的输入规则：对 URL 特殊字符进行编码，InChI 或 SDF 输入使用 POST。检查 HTTP 状态和返回的数据，并保留源标识符及检索日期。
- 依据官方教程实施速率限制和有上限的重试。应单独规划批量获取，不要无限制地并行逐条请求。
- 在选择定向 PUG REST 检索还是 PUG View 报告时，查阅程序化访问概览。应将数据解读和注释再利用要求与 API 访问分别评估。