概览
RCSB PDB Data API 是一项元数据服务，涵盖 PDB 中的实验结构、部分计算结构模型（CSMs）以及整合结构。它为结构生物学工作流提供分子名称、序列、实验详情和相关注释。其用途是检索已标识结构及其组成部分的文档化信息，而不是预测结构或进行分子模拟。官方文档介绍了这两种接口及其共用的底层数据。
请求使用条目、实体、链、组装体和化学组分的标识符；响应为 JSON。REST 通过各资源专用端点获取固定对象表示。GraphQL 可让用户选择字段，并在一次请求中沿层级关系查询，包括同时请求多个已标识对象。该层级区分化学上独特的分子与其各个链实例，从而保留序列级信息和特定实例结构注释之间的差别。
可用信息包括引文、分类学、序列特征、化学描述符和参考数据库标识符。另有示例介绍计算模型的质量注释，以及整合结构的组成和输入数据集。其覆盖范围限于常用注释，并不包括 PDBx/mmCIF 字典中的所有条目。GraphQL 要求提供明确的标识符，不支持查询所有对象；因此，要获取整个档案的数据，需先使用独立的 Holdings 服务，再分批检索。应用还必须检查 GraphQL 响应中的错误，而不应只看 HTTP 状态码。文档提到的 Python 包 rcsb-api 是 Search 和 Data API 的独立客户端，并非 Data API 服务本身。
主要功能
- REST GET 端点以 JSON 对象形式返回条目、分子实体、实体实例、组装体和化学组分的数据。
- GraphQL 支持字段选择、单个或多个对象标识符，以及遍历结构层级中相互关联的不同层级。
- 聚合物注释包括序列、分类学、序列簇成员关系、位置特征和参考序列交叉引用。
- 化学组分记录提供 SMILES 和 InChI 等描述符、化学式及系统化学名称；支链实体示例还涵盖碳水化合物描述符。
- 条目级检索包含实验详情、主要引文、发布时间信息以及指向组成实体的链接。
- 文档中的查询示例涵盖计算模型的全局质量评估指标，以及整合结构的组成、输入数据集和来源数据库。
使用场景
- 建议的应用：为已知的一组 PDB 标识符补充实验方法、发布日期和主要引文，用于编制结构筛选报告。
- 建议的应用：汇总蛋白质序列、分类学、结构域和链级特征注释，供后续结构生物学分析使用。
- 建议的应用：检索配体化学描述符及相关结构元数据，作为药物发现数据整理工作流的输入；但不要将这些信息视为存在结合活性的证据。
- 建议的评估：构建分批获取整个档案元数据的流程，并检查字段覆盖情况、缺失的交叉引用，以及实验、计算和整合结构记录之间的区别。
使用方式
- 阅读数据组织指南，确定合适的对象层级。将实体标识符与链标识符区分开来；聚合物实例使用 label_asym_id。
- 固定对象响应可选择 REST；若需选取相关字段，则可选择 GraphQL。请参阅REST 参考文档，或在 GraphiQL 中探索 schema。
- 从文档示例开始，例如条目 4HHB，并将返回的 JSON 与工作流所需字段进行核对。使用 Data Attributes 页面确认注释是否可用。
- 依据 API 指南实现响应检查：区分 REST 状态失败与 JSON 响应中包含的 GraphQL 错误，即使 HTTP 状态成功也要检查。
- 如需获取整个档案的数据，请从当前 holdings 端点获取标识符，然后遵循分批和缓存指南。如需使用 Python 客户端，请参阅独立的 rcsb-api 文档。