概览
PubChem MCP (cyanheads) 以 @cyanheads/pubchem-mcp-server 的形式打包，是一个社区开发的 MCP 集成，可通过 PubChem 的 PUG REST 和 PUG View API 检索化学信息。它是上游数据库的接口，不是 PubChem 本身，也不是预测化学模型。其 10 个工具和六个 URI 模板资源可在支持 MCP 的工作流中用于化合物识别、记录补充和生物靶标探索。
输入包括化合物名称、SMILES、InChIKey、分子式和结构查询；大多数记录检索工具使用 PubChem 化合物标识符（CID）。测定搜索接受基因符号、蛋白质名称、Gene ID 或 UniProt 登录号。输出包括结构化性质、描述、同义词、GHS 分类、测定活性记录、相互作用和外部标识符。结构检索可提供 base64 编码的 PNG 图示，或以解析后的原子与键 JSON 或原始 V2000 SDF 格式提供 3D 构象。可选的 Lipinski 和 Veber 评估根据检索到的性质计算，而不是由训练模型预测。
文档列出的部署方式包括本地 STDIO 进程、自托管 Streamable HTTP 服务器和公共托管端点。调用为只读，并支持请求排队、重试和取消处理。结构化状态可区分记录缺失与数据不存在；分页和截断字段则帮助客户端处理有数量限制的响应。
数据覆盖范围仍取决于 PubChem 记录：某些化合物缺少 GHS 信息或计算得到的 3D 坐标。搜索和信息补充操作有明确的批次及分页限制；批次中的描述和分类仅对前 10 个 CID 获取。部分 MCP 客户端可以显示工具但不显示资源，因此规划集成时不应假定可以访问资源。
主要功能
- 按名称、SMILES、InChIKey、Hill 分子式、子结构、超结构或 2D Tanimoto 相似度搜索化合物，并可选择补充性质和报告未解析的标识符。
- 检索最多 100 个 CID 的指定物理化学性质；还可选择获取同义词、描述、药理学分类，以及基于性质计算的 Lipinski/Veber 评估。
- 获取 2D PNG 结构图和 3D 构象，格式为原子与键 JSON 或 V2000 SDF；提供明确的预览上限，并针对 3D 结构不可用的情况返回特定错误。
- 批量检索最多 25 个 CID 的 GHS 安全记录，并区分缺少分类信息与化合物记录不存在。
- 按结果或分子靶标探索生物活性，按靶标标识符搜索测定，并检索实体摘要、相互作用和外部数据库交叉引用。
- 通过 STDIO 或 Streamable HTTP 提供只读工具和 URI 模板资源，并支持请求排队、重试处理、取消传递和明确报告部分失败。
使用场景
- 建议的评估步骤：将混合的化合物名称和 SMILES 列表解析为 CID，检查未解析的输入，并为匹配到的记录补充指定的物理化学性质。
- 建议的评估步骤：为化合物清单收集 GHS 分类以及文献或专利交叉引用，并保留来源归属信息和缺失数据状态。
- 建议的评估步骤：探索某个靶标的 PubChem 生物测定，并按结果或靶标筛选化合物记录的活性概况，再查看单项测定摘要。
- 建议的评估步骤：为结构处理工作流检索可用的 3D 构象，并在下游使用前检查缺失坐标错误和预览截断情况。
使用方式
- 阅读项目 README，选择托管 Streamable HTTP、本地 STDIO 或自托管 HTTP。若在本地运行，请检查文档所列的运行时前置条件。
- 使用托管服务时，按照文档为 MCP 客户端配置 Streamable HTTP 端点：https://pubchem.caseyjhand.com/mcp。本地部署时，请遵循 README 中的包或容器配置，不要替换成未记录的选项。
- 使用一小组已知名称、SMILES 或 InChIKey 输入，通过
pubchem_search_compounds开始评估。提供所选策略要求的字段，并检查unresolvedIdentifiers和匹配数量。 - 将解析得到的 CID 传给
pubchem_get_compound_details，并选择工作流所需的性质。按需要添加安全信息、交叉引用或结构工具；区分数据不存在与记录缺失。 - 进行生物学探索时，使用
pubchem_search_assays和受支持的靶标标识符，并检查相关摘要或生物活性页面。按照偏移量和截断提示继续检索；采用该集成前，将有代表性的输出与上游记录进行比较。